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Si bien gran parte de la literatura y la documentación histórica de las Cruzadas se centra en el conflicto entre cristianos y musulmanes, hubo otros eventos, puntos de vista y perspectivas de estos tiempos que son de igual importancia. Los seguidores de la religión judía, tanto en Europa como en el Medio Oriente, estaban en muchos sentidos atrapados entre las partes en conflicto. Los judíos de todas partes, oprimidos durante siglos por su supuesto papel en la muerte de Jesucristo, pasaron por momentos difíciles, pero su situación en Europa era en general peor que en el Medio Oriente. A menudo segregados, o separados, en guetos lejos de los cristianos en las ciudades europeas (y a veces también de los musulmanes en el Medio Oriente), a los judíos de Europa generalmente no se les permitía poseer propiedades, estaban restringidos a ciertas ocupaciones específicas y se les obligaba a usar una marca o placa de identificación para distinguirlos de los cristianos. De ser un pueblo mayoritariamente agrícola, se vieron obligados a vivir en ciudades de Europa donde las profesiones de préstamos y comercio eran las únicas abiertas para ellos.
Durante las Cruzadas, la posición de los judíos en Europa fue particularmente peligrosa, porque el odio tradicional burbujeó en forma de pogromos o asesinatos en masa de judíos por parte de los cruzados en su camino para luchar contra los infieles, es decir, aquellas personas del Medio Oriente no creía en el Dios cristiano. En el Medio Oriente, las cosas a menudo eran mejores para los seguidores de la fe judía. En general, en la época medieval, los judíos estaban más integrados o mezclados en la vida normal en el Medio Oriente que en Europa. Aunque el libro sagrado islámico, el Corán (o Corán) llama a los "hijos de Israel" incrédulos, también establece que se debe permitir que los judíos vivan en paz. Los judíos de Europa y Oriente Medio no participaron en el gran conflicto de los cruzados entre Oriente y Occidente, pero a menudo se vieron atrapados en él, al igual que los judíos de Jerusalén, que fueron masacrados junto con todos los musulmanes cuando la ciudad cayó en manos de los soldados cristianos en 1099 durante la Primera Cruzada.
Las historias de las Cruzadas a menudo han presentado el asunto desde el punto de vista cristiano, descuidando el de los musulmanes y también excluyendo otros eventos en el mundo musulmán durante los dos siglos de guerra religiosa con Occidente. El mundo islámico tenía una alta cultura en la época de las Cruzadas. Tanto en las artes como en las ciencias, los poetas y eruditos musulmanes ayudaron a desarrollar una civilización que fue en muchos aspectos superior a la de los reinos cristianos de Occidente al mismo tiempo. Los musulmanes eran especialmente fuertes en áreas como las matemáticas, la medicina y la astronomía y, por lo tanto, miraban a los invasores europeos, la mayoría de los cuales no tenían educación, con un ojo a veces humorístico y poco halagador.
Los cruzados no fueron los únicos enemigos a los que se enfrentaron los musulmanes en la Edad Media. Desde Asia Central, los mongoles irrumpieron en el Medio Oriente en los siglos XII y XIII. Estos guerreros seminómadas, liderados al principio por el infame Genghis Khan y luego por sus hijos y otros parientes, destruyeron ciudades enteras y mataron a todos los que lucharon contra ellos. En muchos sentidos, representaban una amenaza más peligrosa que los cruzados, y no fue hasta mediados del siglo XIII que un mameluco, o antiguo guerrero esclavo, de Egipto, Baybars, pudo detener su avance. Con todo, la imagen de Europa y Oriente Medio en la época de las Cruzadas era muy compleja, que no puede verse únicamente en los términos restringidos de un prolongado conflicto entre cristianos y musulmanes.