El Territorio de Wisconsin no se formó por ley del Congreso hasta 1836. Fue parte del Territorio del Noroeste a partir de 1787, el Territorio de Indiana en 1800, el Territorio de Illinois en 1809 y el Territorio de Michigan en 1818. El Territorio de Wisconsin se extendía al norte hasta la frontera británico-canadiense y originalmente limitaba al oeste con el río Missouri, aunque en 1838 una ley del Congreso convirtió al río Mississippi en el límite occidental oficial.
Más de veinte mil indios americanos residían en la región de Wisconsin en 1768. Pertenecían a varias tribus, siendo las más grandes las bandas de Ojibways, Winnebagos, Potawatomis y Sioux en el oeste. Los indios comerciaban pieles con comerciantes británicos y franceses con sede en Montreal, que continuaron dominando el comercio de pieles incluso después de que Estados Unidos asumiera la soberanía por el Tratado de París en 1783. Estados Unidos no comenzó a establecer fábricas para regular el comercio de pieles en Wisconsin hasta uno fue construido en la isla de Mackinac en 1809. Los británicos rápidamente capturaron esta fábrica durante la Guerra de 1812 pero la abandonaron después del Tratado de Gante en 1814.
La economía del comercio de pieles dependía de la caza de búfalos y la importación de productos alimenticios para apoyar a los cazadores y comerciantes. Los comerciantes blancos a menudo se casaban con familias indias y se establecían en aldeas donde sus hijos mestizos eran conocidos como métis. Las mujeres indias y métis tenían roles clave en la negociación de acomodaciones en esta sociedad, fueron incluidas en las ceremonias de entrega de regalos y dominaron en gran medida el importante proceso de producción de azúcar de arce.
Los indios Fox extrajeron plomo en el sur de Wisconsin en el siglo XVIII y en 1788 permitieron que un canadiense francés, Julien Dubuque, extrajera allí también. En 1822, un agente indio de Estados Unidos informó al secretario de guerra que el sur de Wisconsin tenía grandes cantidades de mineral de plomo, y el informe se filtró posteriormente. Más de quinientos mineros de Missouri, Kentucky y Tennessee llegaron al sur de Wisconsin entre 1822 y 1825. Para 1829, más de cuatro mil europeos estadounidenses y cien afroamericanos habían llegado de los estados del este e Illinois. Los mineros de plomo se inmiscuyeron en las tierras indígenas aseguradas por un tratado, y los Winnebagos comenzaron a asaltar los asentamientos blancos con disparos dispersos. En 1827, una incursión liderada por el guerrero de Winnebago Red Bird provocó la rápida formación de una fuerza de más de mil infantes y caballería. Red Bird se rindió y los Winnebago se distanciaron de sus incursiones. En 1829, Estados Unidos llegó a un tratado con los Ojibway, Ottawas, Potawatomis y Winnebagos que resultó en la rendición de la región minera al este del Mississippi.