Aunque los exploradores habían estado navegando por la costa de California desde la década de 1540, la bahía de San Francisco permaneció sin descubrir hasta 1769. En 1776 los españoles establecieron una misión y un presidio militar en San Francisco, pero la ciudad tenía una importancia económica limitada hasta finales de la década de 1830. Las nutrias marinas llevaron comerciantes de pieles rusos y británicos a la zona costera, pero el comercio de pieles con Asia y Europa fomentó poco desarrollo urbano. El papel económico principal de San Francisco fue facilitar el comercio de pieles y sebo producidos en la gran California ranchos cerca; estos materiales se exportaron a las industrias del calzado y el jabón en Gran Bretaña y Nueva Inglaterra.
Justo antes de que México cediera California a los Estados Unidos en 1848, se descubrió oro cerca de Sacramento. Este único evento transformó a San Francisco en el centro comercial y financiero de la costa del Pacífico. En los muelles y almacenes de la ciudad, los comerciantes transferían productos manufacturados de los barcos clipper británicos y del este a los vapores que viajaban por los ríos Sacramento y San Joaquín hacia el Valle Central y las estribaciones de la Sierra. El auge de la minería a gran escala después de 1850 estimuló tanto el desarrollo industrial que entre 1860 y 1900, las fundiciones relacionadas con la minería y las empresas de máquinas herramienta fueron los empleadores más grandes de la ciudad y, en 1875, suministraron gran parte del equipo de minería para Australia y el sur. África. La creación de la Junta de Bolsa y Valores de San Francisco en 1862 también alivió enormemente la inversión local y extranjera en las minas de California y Nevada.
Sin embargo, no fueron los mineros, sino los comerciantes locales que los abastecían, quienes se enriquecieron con la minería. Los comerciantes reinvirtieron sus ganancias en empresas relacionadas con el comercio, como banca, seguros, bienes raíces y transporte marítimo y ferroviario. Por ejemplo, Pacific Mail Steamship Company construyó un ferrocarril a través del istmo de Panamá en 1855 y, por lo tanto, dominó los viajes de pasajeros a lo largo de la costa oeste de América del Norte hasta la finalización del ferrocarril transcontinental en 1869. A partir de entonces, la compañía (junto con Matson y otras líneas de carga) reexportaron gran parte de la madera, los cereales y el salmón enlatado del noroeste del Pacífico a Asia, Australia y América del Sur. El monopolio de San Francisco sobre el comercio hawaiano también impulsó la industria de mayor valor de la ciudad a fines del siglo XIX, el refinado de azúcar, pero el espacio limitado en la península desalentó una mayor expansión industrial. A excepción de la construcción naval (impulsada por la apertura del Canal de Panamá en 1914 y por las dos guerras mundiales), San Francisco era en gran parte una economía de servicios en 1900.
Hasta 1869, Oakland era comercialmente insignificante. Ese año, sin embargo, la ciudad se convirtió en el término occidental del ferrocarril transcontinental, convirtiéndola en un importante punto de transbordo entre la tierra y el mar. La agricultura se convirtió en el sector más grande de California en 1875, y las redes de transporte de Oakland y la abundancia de bienes raíces atrajeron rápidamente a empresas que procesaban, enlataban y conservaban los productos agrícolas del estado. Aunque su puerto fue finalmente eclipsado por Oakland (y por Los Ángeles que, al no tener puerto natural, había construido uno en 1914), San Francisco expandió su alcance financiero como hogar de un Banco de la Reserva Federal y de los imperios bancarios de sucursales de Wells Fargo y Banco de America.
La Segunda Guerra Mundial reforzó el lugar de estas ciudades en la economía mundial. Las industrias de defensa sentaron las bases para las empresas de alta tecnología e Internet que ahora obtienen muchos de sus servicios comerciales de San Francisco. Oakland proporcionó barcos y lugares de estacionamiento para tropas y carga, y aseguró su lugar como un puerto internacional importante al construir las primeras terminales de portacontenedores de la costa oeste en 1962. Para el año 2000, estas ciudades anclaron Zonas de Comercio Exterior (áreas a las que se concedieron exenciones arancelarias especiales diseñadas para promover fabricación y procesamiento de bienes para la exportación) que exportaron el 60 por ciento de sus bienes a China y Asia Oriental.