La presidencia es la institución política formal más poderosa de la Rusia poscomunista. Excepto por el título ceremonial otorgado al jefe del Soviet Supremo de la URSS, la Unión Soviética no tuvo una presidencia hasta sus últimos años, aunque la adopción de una se discutió bajo Josef Stalin y nuevamente bajo Nikita Khrushchev. Nuevas propuestas resurgieron a fines de la década de 1980, lo que provocó un intenso debate entre las élites del Partido Comunista sobre la eficacia de introducir una institución que pudiera desafiar la autoridad del partido. A pesar de las preocupaciones sobre la concentración del poder en manos de un solo individuo, el Soviet Supremo y el Congreso de los Diputados del Pueblo aprobaron la presidencia soviética en 1990. La primera elección presidencial la celebraría la legislatura, con las subsecuentes elecciones populares. Mikhail Gorbachev se convirtió en presidente en marzo de 1990, recibiendo el 71 por ciento de los votos en el Congreso de los Diputados del Pueblo.
Las repúblicas unidas comenzaron a elegir presidentes antes de la disolución de la URSS. En junio de 1991, Boris Yeltsin fue elegido como el primer presidente de Rusia en una elección que lo enfrentó a cinco competidores. En su primer mandato, tras la disolución de la URSS, Yeltsin se enfrentó a un parlamento recalcitrante que se opuso a muchas de sus iniciativas. El conflicto entre los poderes ejecutivo y legislativo culminó con la emisión de un decreto de Yeltsin que disolvió el parlamento el 21 de septiembre de 1993. El parlamento rechazó el decreto y declaró al vicepresidente Alexander Rutskoi como presidente en funciones. Las fuerzas que se oponían a Yeltsin reunieron partidarios armados, ocuparon la Casa Blanca rusa e intentaron tomar el control de la principal red de televisión. Las fuerzas pro-Yeltsin atacaron la Casa Blanca y aplastaron la rebelión parlamentaria a principios de octubre de 1993.
La crisis constitucional llevó al fortalecimiento formal de la presidencia, codificado en la constitución de 1993. En lugar de un sistema presidencial puro, la Federación de Rusia adoptó un sistema semipresidencial en el que el presidente es el jefe de estado elegido popularmente y el primer ministro, designado por el presidente, es el jefe de gobierno. El presidente es elegido para un mandato de cuatro años utilizando un sistema de segunda vuelta por mayoría que requiere un voto mayoritario para ganar en la primera ronda de la competencia. Si ningún candidato obtiene la mayoría, se lleva a cabo una segunda vuelta entre los dos mejores candidatos de la primera ronda. El presidente ejerce importantes poderes formales y, por lo tanto, tiene más autoridad que los líderes en el parlamento y muchos otros sistemas semipresidenciales. Entre otras cosas, el presidente puede vetar leyes, hacer decretos, iniciar legislación, convocar a referendos y suspender leyes locales que contravengan la constitución. El presidente está limitado a dos mandatos consecutivos en el cargo.
Yeltsin fue reelegido presidente en julio de 1996, después de derrotar al candidato del Partido Comunista de la Federación de Rusia, Gennady Zyuganov, en la segunda ronda de la competencia. Yeltsin renunció a la presidencia el 31 de diciembre de 1999. Vladimir Putin se desempeñó brevemente como presidente interino y luego fue elegido en marzo de 2000. Putin reafirmó la autoridad presidencial, fortaleciendo el control central sobre las regiones, desafiando poderosos intereses comerciales y extendiendo el control sobre la prensa.