El Partido Agrario de Rusia (APR) fue establecido el 26 de febrero de 1993, por iniciativa de la fracción parlamentaria Unión Agraria, la Unión Agraria de Rusia, la profsoyuz (sindicato) de trabajadores del complejo agroindustrial, y el Congreso Panruso de Kolkhozes. Su presidente fue Mikhail Lapshin, elegido un par de semanas antes como vicepresidente del restaurado Partido Comunista de la Federación de Rusia (PCFR). En las elecciones de 1993, la lista APR, encabezada por el líder de la fracción agraria Mikhail Lapshin, el líder profsoyuz Alexander Davydov y el viceprimer ministro Alexander Zaveryukha, recibió 4.3 millones de votos (8.0%, quinto lugar) y veintiún mandatos en el Distrito Federal; dieciséis candidatos ganaron en distritos de un solo hombre. En 1995, los agrarios ingresaron a las elecciones con una composición similar, pero una parte importante del electorado de izquierda se consolidó en torno al Partido Comunista de la Federación de Rusia y, como resultado, la lista de agrarios solo obtuvo 2.6 millones de votos (3.8%). . En los distritos de mandato único, los agrarios presentaron veinte candidatos; esto les permitió formar su propio grupo de delegados, con la incorporación de delegados del CPRF dedicados a esta tarea. En las elecciones de 1999, el liderazgo de APR se dividió sobre el tema de la formación de bloques. La mayoría, con el presidente Lapshin a la cabeza, se unió al bloque Patria-Toda Rusia (OVR); los demás, incluido el líder de la fracción parlamentaria Nikolai Kharintonov, fueron incluidos en la lista del PCFR. Como resultado de los bajos resultados de OVR, los partidarios de Lapshin no lograron formar su grupo, y los comunistas con candidatos de mandato único crearon el Grupo Agroindustrial con Kharitonov a la cabeza.
En las elecciones regionales, el APR entró en coalición con el PCFR y tuvo varias victorias serias en su haber, incluida la elección del líder del APR Lapshin como jefe de la pequeña República de Altai, y el jefe de la Unión Agraria Vasily Starodubtsev como gobernador en el oblast industrial de Tula (dos veces).
En el momento del registro en mayo de 2002, la APR declaró 42,000 miembros y cincuenta y cinco sucursales regionales. Aunque carecía de potencial como entidad autosuficiente, la APR era bastante atractiva para el Partido Comunista y para el "partido gobernante", en virtud de la infraestructura provincial, la popularidad del nombre y la influencia en el electorado rural, tradicionalmente comprensivo hacia la izquierda.
En el umbral de las elecciones de 2003, surgió una lucha por el control del APR entre el izquierdista Kharitonovtsy (Kharitonov era el jefe de la Unión Agroindustrial) y el progubernamental Gordeyevtsy (Alexei Gordeyev era el líder del Movimiento Agrario Ruso, fundada en 2002), ambas partes intentan poner fin al liderazgo extendido de Lapshin.