Una afinidad entre Pakistán y la Unión Soviética habría parecido natural, dado el estatus de Pakistán como colonia británica (hasta 1947) y el papel de la Unión Soviética como partidaria de las naciones oprimidas por los imperialistas capitalistas. Sin embargo, en 1959 Pakistán, junto con Turquía e Irán, se unió a la Organización del Tratado Central (CENTO), que fue diseñada por el enérgico secretario de Estado del presidente Dwight Eisenhower, John Foster Dulles. El tratado de seguridad reemplazó al Pacto de Bagdad y estaba destinado a proporcionar un baluarte al sur de la expansión soviética hacia el Océano Índico y los campos petrolíferos del Golfo Pérsico. CENTO también permitió a Estados Unidos ayudar a Pakistán y cimentar una estrecha relación de seguridad con el país que, por lo tanto, se ha convertido en la piedra angular de la política estadounidense en el sur de Asia durante más de tres décadas. Esta relación reforzó los esfuerzos de Moscú por mantener estrechas relaciones con el rival de Pakistán, India. A partir de junio de 1955 con la visita del primer ministro indio Jawaharlal Nehru a Moscú y el viaje de regreso del primer secretario Nikita Khrushchev a la India durante el otoño de 1955, se sentaron las bases para unas relaciones cordiales entre la India y la Unión Soviética. Mientras estaba en la India, Jruschov anunció el apoyo de Moscú a la soberanía india sobre la región de Cachemira. Conduciendo a la eventual partición de la India británica en 1947, la disputa entre hindúes y musulmanes se ha centrado en Cachemira durante siglos. Pakistán afirma el derecho de los habitantes de Cachemira a la autodeterminación a través de un plebiscito de conformidad con un compromiso anterior de la India y una resolución de las Naciones Unidas. Esta disputa desencadenó guerras entre los dos países, no solo en 1947 sino también en 1965 (Moscú mantuvo la neutralidad en 1965). En diciembre de 1971, Pakistán e India volvieron a entrar en guerra, tras una crisis política en lo que entonces era Pakistán Oriental y la huida de millones de refugiados bengalíes a la India. Los dos ejércitos llegaron a un punto muerto, pero una victoria india decisiva en el este resultó en la creación de Bangladesh.
Aparecieron nuevas tensiones tanto en las relaciones soviético-pakistaníes después de la invasión soviética de Afganistán en 1979. Pakistán apoyó la resistencia afgana, mientras que India apoyó implícitamente la ocupación soviética. Pakistán acogió una afluencia de refugiados (más de 3.2 millones de personas) como resultado de la ocupación soviética (diciembre de 1979 a febrero de 1989). En los siguientes ocho años, la URSS y la India expresaron una creciente preocupación por las compras de armas de Pakistán, la ayuda militar de Estados Unidos a Pakistán y el programa de armas nucleares de Pakistán. En mayo de 1998, India, y luego Pakistán, realizaron pruebas nucleares.
Después de los ataques terroristas del 11 de septiembre de 2001, las relaciones de Pakistán con Washington se tensaron, mientras que sus relaciones con Moscú mejoraron. Aunque el gobernante militar de Pakistán, el general Pervez Musharraf, acordó proporcionar a los Estados Unidos bases en Pakistán para lanzar operaciones militares contra el otrora aliado de Pakistán, los talibanes, en Afganistán, sus acciones alimentaron los éxitos electorales de fundamentalistas islámicos en Pakistán que se oponían a su política pro-estadounidense. postura. Mientras tanto, el presidente ruso Vladimir Putin jugó un papel clave de mediación en el conflicto indo-pakistaní. En febrero de 2003, Musharraf se reunió con Putin en Moscú para discutir los lazos comerciales y de defensa. Esta fue la primera visita de estado oficial de un líder paquistaní a Moscú desde Zulfiqar Ali Bhutto en la década de 1970. Pakistán e India concentraron alrededor de un millón de tropas a lo largo de la Línea de Control trazada por la ONU que divide sus sectores del estado oficialmente llamado Jammu y Cachemira, lo que generó temores internacionales de una posible guerra nuclear.