Alrededor de 1889, un hombre santo de la tribu Paiute experimentó una visión durante un eclipse solar total, durante el cual la luna pasa entre la tierra y el sol, bloqueando la vista del sol. El resultado de su visión fue una religión llamada Danza Fantasma. Incluía un baile real en el que los bailarines podían morir por un momento para echar un vistazo al paraíso que les esperaba. Parte de la Danza de los fantasmas implicó el uso de una camisa especialmente hecha que se creía que protegía al usuario de las balas enemigas. Todas las reservas sioux practicaban esta nueva religión. Un Lakota, Kicking Bear (c. 1852-1904), y su cuñado, Short Bull (c. 1845-1915), viajaron a Nevada para aprender sobre la Danza de los fantasmas. Kicking Bear luego visitó el gran Toro Sentado (1831-1890) en octubre de 1890 para contarle lo que había aprendido. Toro Sentado era un jefe lakota muy respetado cuyas visiones de la derrota del general George Armstrong Custer (1839–1876) y su propia muerte se hicieron realidad. Toro Sentado expresó sus dudas de que los muertos fueran devueltos a la vida, pero no tenía objeciones a permitir que su gente bailara la Danza de los Fantasmas.
Los agentes indios, sin embargo, ya habían informado al gobierno federal de sus temores sobre la fuerza y la influencia del movimiento Ghost Dance. Ahora sus temores se intensificaron, ya que creían que Toro Sentado se uniría a los Danzantes Fantasma. Para evitar que esto sucediera, se enviaron cuarenta y tres policías de Lakota para sacar a Toro Sentado de su casa en Standing Rock. South Dakota . Entraron en su cabaña el 15 de diciembre y despertaron al jefe dormido. Aceptó acompañar a la policía y pidió que ensillaran su caballo mientras se vestía. Mientras tanto, un gran grupo de Danzantes Fantasma se reunió fuera de la cabaña, y cuando Toro Sentado y la policía salieron, uno de los bailarines disparó al teniente Henry Bull Head. Bull Head sacó su arma y le disparó al bailarín, pero accidentalmente disparó a Toro Sentado. Otro policía luego mató a Toro Sentado de un tiro en la cabeza. Antes de que terminara la mañana, seis policías y siete guerreros habían muerto.
La Danza de los fantasmas fue prohibida oficialmente en las reservas de Lakota, pero los bailarines continuaron con sus rituales. Muchos miembros de la tribu de Toro Sentado habían huido en busca de seguridad con otra tribu lakota liderada por el jefe Big Foot (c. 1820-1890). Queriendo evitar más violencia, Big Foot llevó a su gente y a los recién llegados más al sur, hacia la reserva en Pine Ridge, Dakota del Sur.
Lo que Big Foot no sabía es que las autoridades ya habían ordenado su arresto. El gran jefe se había enfermado y se debilitaba con cada hora a medida que aparecía la neumonía. No tenía intenciones de luchar y estaba enarbolando la bandera blanca (símbolo de tregua o paz) cuando hizo que su gente estableciera un campamento para pasar la noche cerca. Wounded Knee Creek el 28 de diciembre de 1890. Mientras se acomodaban para dormir, las tropas de la Séptima Caballería los rodearon por todos lados.
Los soldados entraron al campo a la mañana siguiente y exigieron a los nativos americanos que entregaran todas sus armas. Uno de los guerreros nativos americanos, Black Coyote, era sordo; no entendía lo que estaba pasando y no estaba dispuesto a entregar su arma. Un soldado intentó desarmarlo y el arma se disparó. El caos se apoderó de inmediato, mientras los nativos americanos corrían a cubrirse y los soldados comenzaron a dispararles para tratar de controlar el desorden. Big Foot fue uno de los primeros muertos, y su cadáver permaneció en la nieve durante tres días antes de ser arrojado a una fosa común.
La masacre duró menos de una hora. Aunque los relatos difieren en cuanto al número de nativos americanos asesinados, que van de 150 a 400, la mayoría está de acuerdo con la cifra de 300, la mayoría mujeres y niños. Veinticinco soldados habían muerto, otros treinta y nueve heridos.
Se encontraron cadáveres de mujeres y niños esparcidos a una distancia de hasta tres millas del campamento. El día de Año Nuevo de 1891, los soldados cavaron un hoyo y amontonaron en él los cuerpos que encontraron. Los familiares ya se habían llevado otros cuerpos. Algunos soldados guardaban recuerdos de la masacre, artículos como camisetas de Danza Fantasma que podrían vender más tarde como "reliquias" del movimiento Danza Fantasma.
Debido a sus acciones en Wounded Knee, el hombre que ordenó la matanza, el coronel James Forsyth (1834-1906), fue destituido del mando. Su oficial superior estaba disgustado de que Forsyth hubiera aprobado los brutales asesinatos de mujeres y niños inocentes. También se descubrió que muchos guerreros Lakota estaban desarmados. Forsyth no vio el error de sus caminos y en su lugar escribió un informe alabando a sus tropas por su valentía frente al "fanatismo religioso". Más tarde, Forsyth fue reintegrado a su cargo e incluso ascendió al rango de mayor general. El gobierno insultó aún más a la comunidad nativa americana cuando otorgó a tres oficiales y quince soldados la Medalla de Honor por su conducta en Wounded Knee.
Aunque las luchas entre los nativos americanos y los blancos continuaron ocasionalmente a lo largo de enero, la masacre de Wounded Knee generalmente se considera el final de la Guerras indias de las llanuras así como el final de la frontera americana.