Esquema Imperial. Poco después de renunciar a la vicepresidencia en 1805, Aaron Burr comenzó un viaje por Occidente. Después de su partida, el presidente Thomas Jefferson recibió una advertencia anónima de que Burr estaba "meditando el derrocamiento de su administración", "conspirando contra el Estado" y actuando como un agente de Gran Bretaña. Otros rumores de inestabilidad política en Occidente se sumaron a las sospechas en torno a las actividades de Burr. Fuentes confiables informaron que Burr estaba reclutando activamente hombres para un ejército y oficiales para dirigirlos en un esfuerzo por separar los territorios occidentales de los Estados Unidos. Combinado con territorios que serían arrebatados a España, se alegó que Burr tenía la intención de crear un nuevo imperio en Occidente.
La Conspiración. Uno de los aliados de Burr fue el general James Wilkinson, gobernador de la Alta Luisiana. Se sabía que Wilkinson era corrupto, pero pocos en ese momento lo consideraban capaz de traición. (Más tarde se descubrió que había sido un agente pagado de los españoles). Identificado como sospechoso desde el principio, Wilkinson se convenció de que el plan estaba condenado al fracaso. El general traicionó a su presunto cómplice al enviar cartas incriminatorias directamente a Jefferson. Los periódicos describían los movimientos planificados de miles de hombres armados a través de Ohio, Kentucky y Mississippi, todos los cuales estarían bajo el liderazgo de Burr. Intentando desviar la sospecha de sí mismo, Wilkinson afirmó ignorancia: "No solo estoy desinformado sobre el motor principal y los objetos últimos de esta atrevida empresa, sino que desconozco los cimientos sobre los que descansa". Sin embargo, especuló que estas actividades probablemente estaban relacionadas con rumores de revuelta en el territorio de Orleans y parte de un plan para invadir y apoderarse de partes de México.
El arresto. Jefferson respondió dando instrucciones a los comandantes militares y autoridades civiles en Occidente, ordenándoles que estuvieran atentos a cualquier evidencia de actividades sospechosas. En enero de 1807 el presidente informó al Senado y a la Cámara de Representantes de lo que llamó “una combinación ilegal de particulares contra la
paz y seguridad de la Unión, y una expedición militar planeada por ellos contra los territorios de una potencia [España] en amistad con los Estados Unidos ”. Jefferson nombró a Burr como el líder y agregó que su "culpa es ... incuestionable". Burr se encontraba en el territorio de Mississippi cuando recibió la noticia de que Wilkinson lo había traicionado y que se habían emitido órdenes para su arresto. Rápidamente se rindió a las autoridades locales, pero la Corte Suprema Territorial estaba compuesta por federalistas comprensivos. Los jueces decidieron no acusar a Burr, pero se dividieron sobre los términos de su arresto. Durante estas deliberaciones, Burr huyó, pero pronto fue capturado, arrestado y llevado a Richmond, Virginia, donde John Marshall, presidente de la Corte Suprema, escucharía el juicio.
Jefferson y la corte. Mientras organizaba su defensa, Burr le pidió al Tribunal que citase a Jefferson, lo que habría requerido que el presidente compareciera en persona ante el tribunal y que proporcionara los documentos que el acusado insistía en que eran esenciales para su caso. Jefferson respondió que, "independientemente de cualquier otra autoridad", era el derecho del presidente decidir "qué documentos que le llegaban como presidente, los intereses públicos permiten que se comuniquen [y] a quién". El presidente creía en este punto que había puesto a disposición todos los documentos y correspondencia relevantes al caso. Jefferson no era un obstruccionista, pero estaba profundamente preocupado por la independencia del ejecutivo y trató de defenderla. No vendría a testificar en Richmond porque establecería un precedente significativo e indeseable y en algún momento futuro obligaría al director ejecutivo a asistir a los juicios en Ohio o en el territorio de Mississippi. En segundo lugar, Jefferson preguntó: "¿Sería el Ejecutivo independiente del poder judicial, si estuviera sujeto a la comandos de este último, y al encarcelamiento por desobediencia? " La principal preocupación del presidente era mantener la norma de la Constitución que garantizaba la independencia del ejecutivo del poder judicial.
La prueba. Un brindis ofrecido en el momento del juicio representó, en general, la enemistad del público hacia Burr: "Aaron Burr, que su traición a su país lo lleve al cadalso, y el cáñamo sea su escolta a la república de Polvo y cenizas". En la corte, el exvicepresidente fue juzgado por dos cargos: primero, traición por presuntamente "reunir una fuerza armada" para tomar Nueva Orleans y "separar los estados del oeste de los del Atlántico", y segundo, "un delito menor" por enviar una expedición militar contra territorios pertenecientes a España. Los abogados de Burr argumentaron que el acusado no había cometido ningún acto de traición. El caso giró en torno a si la simple intención, en ausencia de una acción abierta, era suficiente para condenar a un hombre por el alto delito de traición. La fiscalía basó el peso de su caso en el papel que desempeñó Burr en la organización de una reunión de hombres armados y presuntos traidores en Ohio en 1806. Insistieron en que, aunque no estaba presente, Burr fue un agente principal en la organización de la reunión y que este debería ser suficiente para condenarlo. La defensa respondió con un enérgico argumento de que, a menos que se hubiera cometido un acto de guerra, y todos estuvieron de acuerdo en que no, el caso de la fiscalía debería fracasar y Burr debería quedar libre.
Decisión de Marshall. La opinión de Marshall se emitió el 31 de agosto de 1807. Cubre cuarenta y cuatro páginas impresas y se tardaba tres horas en leerse. Su longitud y amplitud indicaban un propósito que trascendía a Burr específicamente cuando Marshall buscaba definir el significado de traición. Marshall se puso del lado de la defensa con respecto a la reunión de presuntos conspiradores y traidores. Declaró que la fiscalía no había proporcionado un número suficiente de testigos para respaldar su caso. Más significativa fue la definición estricta que Marshall aplicó al cargo de traición, una construcción que haría que el enjuiciamiento de este crimen fuera una tarea difícil a partir de entonces. La traición no requería que el acusado tomara las armas, pero el presidente del Tribunal Supremo insistió en que simplemente sugerir la guerra o participar en una conspiración no era suficiente para requerir una condena. Los acusados del crimen, declaró Marshall, deben haber cometido un acto de participación manifiesto y demostrable. Concluyó que la fiscalía no había proporcionado tal prueba en el caso Burr. El jurado deliberó durante menos de media hora y luego anunció que había encontrado al acusado no culpable. Jefferson respondió enojado al veredicto y sugirió que era "equivalente a una proclamación de impunidad para cada combinación traidora que se pueda formar para destruir la Unión". Un hombre libre, Burr pasó los siguientes cinco años en Europa. Regresó a los Estados Unidos en 1812, ejerció la abogacía y participó en varios proyectos comerciales hasta su muerte en 1836.