El Imperio Mogul (1526-1857) fue el más importante de los estados islámicos indios y uno de los más grandes de los imperios indios. El estado fue fundado durante los años 1526–30 por Babur (1483–1530), un príncipe turco y aventurero militar. Babur invadió la India desde su reino en Afganistán por invitación de los gobernantes regionales durante la guerra civil que se desarrolló en el poderoso Sultanato Lodi de Delhi con el acceso del sultán Ibrahim Lodi (? -1526) al trono de su padre. Babur derrotó al sultán Ibrahim en la batalla de Panipat el 20 de abril de 1526, se declaró emperador en Delhi y procedió a conquistar un territorio que se extendía por el norte de la India desde Afganistán hasta las fronteras de Bengala.
El imperio de Babur casi fue perdido por su hijo, Humayan (1508-1556), quien fue expulsado al exilio por una confederación de nobles afganos descontentos liderados por Sher Shah Sur, el gobernante de Bihar desde 1540-45. Aprovechando una lucha de sucesión entre los nobles afganos, Humayan retomó Delhi en 1555 y murió poco después.
El imperio pasó a su hijo Akbar (1542-1606), quien estuvo a la altura de su título europeo, "El Gran Mogul". Durante su largo reinado, Akbar expandió las fronteras de su imperio por el norte y centro de la India, desde Afganistán hasta la meseta de Deccan (sur de la India). Su reinado se caracterizó por la unificación política, económica y administrativa del imperio y una política de tolerancia religiosa hacia sus súbditos no musulmanes. Akbar fue sucedido por Jahangir, que gobernó entre 1605 y 1627, y Shah Jahan, que gobernó entre 1627 y 1658.
El último gobernante importante del imperio fue Aurangzeb (1618-1707), quien encarceló a su padre y tomó el trono al final de una guerra civil fratricida en 1658. Gobernó hasta 1707. Aurangzeb fue el primer emperador desde Akbar en extender los límites del imperio. conquistando los sultanatos de Deccani en 1686 y 1687. Al final de su reinado, Aurangzeb gobernaba más territorio que cualquier monarca indio antes o después. Su éxito militar fue contrarrestado por una política de retorno a prácticas islámicas más estrictas, que alienó a sus súbditos no musulmanes y resultó en varias rebeliones, la más grave fue el levantamiento sij en la década de 1670. Después de alcanzar su punto máximo en la década de 1680, el poder de Aurengzeb disminuyó rápidamente. Hacia 1700, los Marathas, guerreros hindúes, devastaron el Deccan. Los Rajput, amigos de los Moguls desde la época de Akbar, abandonaron sus antiguos lazos con el imperio. Los sijs y jats del Punjab, que ya no se conformaban con el estatus de vasallos, establecieron regímenes independientes.
Tras la muerte de Aurangzeb, el imperio se enfrentó a desafíos a su supremacía en todos los lados. Los cinco estados de la Confederación Maratha controlaban la mayor parte del sur de la India y habían reemplazado a los Moguls como el poder dominante en la región de Gujarat. Los gobernadores musulmanes regionales como el Nizam de Hyderabad rindieron respeto simbólico al emperador en Delhi y afirmaron gobernar en su nombre, pero efectivamente se habían convertido en estados independientes. Las empresas comerciales europeas habían creado esferas de influencia a lo largo de la costa. En 1739, Nadir Shah, el gobernante de Persia, invadió India y saqueó Delhi. A partir de entonces, el emperador Mogul no fue más que un gobernante títere. A finales del siglo XVIII, el emperador Mogul gobernó a voluntad de la Compañía Británica de las Indias Orientales. El último emperador, Bahadur Shah, que gobernó entre 1837 y 1857, fue depuesto por los británicos y exiliado a Yangon (Rangún) después de la violencia de 1857, comúnmente conocida como el motín indio.