La Guerra de los Trece Años (1654-1667) consistió en tres fases de conflicto entre Moscovia, Polonia-Lituania y Suecia. Sus raíces se pueden encontrar en la revuelta cosaca de Bogdan Khmelnitsky contra Polonia-Lituania, que comenzó en 1648. Los rusos apoyaron a los cosacos inicialmente con contactos comerciales favorables y suministros militares, y luego, finalmente, después de la invasión polaca de Ucrania en 1653, los rusos se aliaron. formalmente con los cosacos y entró en la guerra en 1654.
El zar Alexei de Moscovia condujo alrededor de 100,000 hombres, incluidos sus aliados cosacos de Zaporozhian, en territorio polaco-lituano y así comenzó la primera fase de la guerra. Los rusos disfrutaron de un éxito inicial, aplastando a las fuerzas polacas y tomando varias ciudades importantes, como Smolensk, Mogilev y Vitebsk. Las fuerzas rusas y cosacas recuperaron gran parte de los territorios ucranianos e incluso invadieron Polonia hasta la ciudad de Brest. Los polaco-lituanos contraatacaron pero no pudieron desalojar a los rusos. El rey de Polonia, Juan II Casimiro, que había huido del país, logró negociar una tregua con los rusos, y las hostilidades terminaron temporalmente entre las dos naciones con una tregua de tres años (1656).
En este punto, mientras Suecia estaba involucrada en la Primera Guerra del Norte (1655-1660) contra Polonia y Dinamarca, Moscovia buscó recuperar el territorio que había perdido antes ante los suecos y se trasladó para capturar varias ciudades, incluidas Dinaburg, Dorpat y Keksholm. Sin embargo, los rusos no pudieron tomar Riga, que sitiaron durante el verano de 1656, porque no tenían fuerza naval y no podían aislar a Riga de sus líneas de suministro. Los suecos lanzaron un poderoso contraataque, dispersando al ejército ruso y obligando al zar a huir para salvar su vida. Cuando la guerra con Dinamarca empeoró en 1657, los suecos buscaron la paz con Moscovia (Tregua de Valiesari, 1658).
La tercera y última fase de la guerra comenzó cuando la tregua entre Moscovia y Polonia-Lituania terminó en 1658. Los rusos libraron una serie de feroces batallas con los polacos en Lituania y Bielorrusia, derrotándolos en Vilnius, Kaunas y Grodno, pero perdiendo dos veces en Mogilev (1661, 1666) y Vitebsk (1664). En las tierras ucranianas, los rusos sufrieron importantes derrotas en Konotop (1659), Lubar (1660) y Kushliki (1661). Los factores que complicaron en el sur incluyeron la deserción de los aliados cosacos de los rusos bajo Vyhovsky, que aisló a los rusos contra los polacos, y la rebelión de Lubomirsky, que debilitó al gobierno del rey Juan II Casimiro en un momento crítico y obligó a los polacos a aceptar la paz Moscovia. A principios de 1664, el zar se acercó a los polacos para comenzar las negociaciones, pero no fue hasta 1667 que se firmó un acuerdo de paz provisional en Andrusovo. A pesar de sus pérdidas, Moscovia salió de la guerra con ganancias considerables en el territorio, entre las que se incluyen las ciudades clave de Smolensk y Kiev.