El gobierno colonial portugués fue mucho menos centralizado que el modelo español, pero no otorgó la autonomía local de las colonias británicas norteamericanas. A diferencia de los españoles o británicos, los portugueses no tenían una gran población doméstica con la que poder poblar colonias; por lo tanto, sucesivos monarcas experimentaron con varios sistemas y finalmente instituyeron un sistema basado en virreyes y gobernadores coloniales.
Puestos comerciales tempranos
Los primeros asentamientos portugueses en Brasil fueron puestos comerciales. Estos puestos estaban fortificados pero contaban con un pequeño número de habitantes portugueses, que contaban con el apoyo de aliados indígenas. Los comerciantes portugueses buscaban madera de Brasil, que se usaba comúnmente como fuente de tinte en ese momento. A partir de 1500, la corona ofreció arrendamientos de territorio brasileño a grupos de comerciantes, pero la falta de interés llevó al rey a colocar el área bajo control real directo. El rey retuvo el título de propiedad de la tierra, pero se otorgaron licencias a personas y empresas para comerciar con bienes específicos (aquellos artículos no sujetos a monopolios reales). En 1511 los nativos fueron puestos bajo la protección de la corona, aunque a los funcionarios locales se les otorgó la autoridad para diferenciar entre los nativos pacíficos que podían convertirse y los que se consideraban irredimibles y, por lo tanto, se les permitía ser esclavizados.
El primer gran esfuerzo para desarrollar el área ocurrió en la década de 1530 en respuesta a las incursiones francesas. El rey João III (1502-1557) trató de fomentar el interés en la región a través de un sistema único de concesiones de tierras reales, conocidas como capitanías o donatarios. El donatarios Tenían unos 241 kilómetros (150 millas) de longitud y se extendían hacia el interior hasta la frontera creada por el Tratado de Tordesillas (1494), que dividía el mundo entre Portugal y España.
João creó quince donatarios, que fueron distribuidos a cortesanos conocidos como donados. Cada persona poderosa era responsable de los costos de asentar su territorio y atraer colonos. Para sufragar los costos de la colonia, el donados se les permitió otorgar subvenciones más pequeñas. Pocos de los donados estaban realmente interesados en la reubicación en Brasil, y la mayoría de las subvenciones fracasaron. Sin embargo, dos donatarios tuvo mucho éxito y condujo al establecimiento de São Vicente y São Paulo. El exitoso donatarios pudieron forjar alianzas con tribus locales para obtener mano de obra y aliados para luchar contra tribus hostiles. También aprovecharon el auge de la producción de caña de azúcar.
La caña de azúcar se convirtió rápidamente en la principal exportación económica de las colonias y provocó una renovación del interés real en Brasil cuando uno de los donatarios, Pernambuco, llegó a tener una mayor producción económica que Lisboa. En la década de 1540, la corona decidió reafirmar el control real sobre los fallidos donatarios. En 1549, la autoridad real se reforzó aún más mediante el nombramiento de un gobernador general para supervisar todo Brasil. El primer gobernador general, Tomé de Sousa (muerto en 1573), fundó la capital colonial, Salvador, y trabajó con los jesuitas para establecer misiones en el interior del país. Los jesuitas finalmente desarrollaron una serie de asentamientos importantes y desafiaron la autoridad de los funcionarios coloniales locales (especialmente cuando esos funcionarios se esforzaron por esclavizar a los nativos que estaban bajo la protección de la orden después de su conversión). En 1759 los jesuitas fueron expulsados de Brasil, poniendo así fin a cualquier desafío potencial al establecimiento colonial.
La monarquía dual y la nueva riqueza
La unión de los tronos portugués y español (1580-1640) tuvo un impacto dramático en la administración colonial. Debido a la insurrección holandesa contra España, a las colonias brasileñas se les prohibió comerciar con comerciantes holandeses (los holandeses habían sido anteriormente los principales socios comerciales de las colonias brasileñas). Después de ser excluidos del lucrativo comercio del azúcar, los holandeses lanzaron una serie de ataques contra las colonias brasileñas y capturaron la capital colonial de Salvador y la rica provincia de Pernambuco.
Muchos colonos apoyaron el dominio holandés, mientras que otros se opusieron a las restricciones comerciales y las fuertes deudas económicas a las que se encontraban. Los holandeses fueron finalmente expulsados en 1654 por una coalición de plantadores brasileños, criollos y comerciantes. Un resultado del conflicto fue un período de importante declive económico que se vio exacerbado por el surgimiento de economías rivales de plantaciones de azúcar en las islas inglesas y francesas del Caribe. El declive solo se revirtió con el descubrimiento de oro en 1693.
La resultante fiebre del oro en la región que se conoció como Minas Gerais encendió nuevas tensiones entre las familias coloniales establecidas y los aventureros que llegaron para aprovechar la nueva riqueza, al tiempo que poblaron un área del interior previamente descuidada. Además, la capital se trasladó de Salvador a Río de Janeiro para estar más cerca de las minas de oro en 1763. A los funcionarios coloniales les resultó difícil mantener el control, ya que los buscadores de oro se adentraron más en el interior y más allá de la capacidad de las autoridades para recaudar impuestos o cumplir la ley. Estalló un conflicto armado entre los colonos originales y los criollos por un lado y los recién llegados por el otro. En respuesta, la corona promulgó nuevas políticas para controlar la región.
En la década de 1750, la producción de oro comenzó a declinar y la colonia avanzó hacia el desarrollo de una economía más diversificada que incluía la ganadería. Esta diversificación se vio favorecida por las reformas emprendidas por el primer ministro de Portugal, el marqués de Pombal (José de Carvalho e Melo, 1699-1782), quien puso fin a las concesiones de que disfrutaban los comerciantes extranjeros y reformó el comercio del azúcar y el oro. Sin embargo, los esfuerzos de Portugal por ejercer un control más estrecho sobre sus súbditos coloniales no quedaron exentos de oposición, y el resentimiento contra la autoridad real dio lugar a la Conspiración de Minas de 1789, en la que las actividades de las élites coloniales e incluso los funcionarios locales presagiaron posteriores movimientos de independencia.
El reino dual y la independencia
El cambio más dramático en el gobierno colonial ocurrió en 1807 cuando el regente, Dom João (1769–1826), trasladó la monarquía a Brasil para escapar de la invasión de Napoleón Bonaparte (1769–1821). Con el fin de apoyar a sus aliados portugueses, los británicos transfirieron unos quince mil cortesanos y funcionarios de Portugal a Brasil y prestaron al gobierno reubicado unos $ 3 millones.
Dom João recreó muchos de los componentes del gobierno real en Brasil, incluido un consejo militar supremo, un tribunal superior y varias juntas para supervisar el comercio y el comercio. En 1815 Brasil obtuvo el estatus de reino y monarquía dual bajo Dom João, quien se convirtió en João VI. Sin embargo, el descontento con el dominio portugués llevó a la Revolución de Pernambuco en 1817. La rebelión alentó a los oficiales del ejército en Portugal a rebelarse, lo que a su vez obligó a João y a la corte a regresar a Lisboa en 1820. El hijo de João, Dom Pedro (1798-1834), permaneció en Brasil y lideró un movimiento independentista en 1822. Posteriormente fue coronado emperador Pedro I, inaugurando una nueva etapa en la historia del estado brasileño como monarquía constitucional independiente.