A menudo llamado Consejo de Ministros, este organismo fue convocado por Alejandro II en 1857 para coordinar las propuestas legislativas de los ministros individuales. Fue presidido por el propio zar y se reunió de manera irregular a partir de entonces para considerar varias de las "Grandes Reformas" de Alejandro II. En 1881, le presentó el plan del conde Loris-Melikov para un gobierno semiconstitucional, pero los revolucionarios asesinaron al zar antes de que pudieran tomarse medidas. Su sucesor, Alejandro III, decidido a restablecer el gobierno autocrático completo, no convocó el concilio y no jugó un papel significativo en los primeros años del reinado de Nicolás II.
A principios de la Revolución de 1905, los reformadores persuadieron a Nicolás II de revivir el Consejo de Ministros. De febrero a agosto de 1905 trabajó en diversos proyectos de reforma administrativa y constitucional. El 19 de octubre, dos días después de la publicación del Manifiesto de Octubre, un decreto imperial estableció un Consejo de Ministros muy renovado, que se estructuró según las líneas recomendadas por el Conde Sergei Witte, arquitecto principal del manifiesto y las reformas que lo acompañan. El zar retuvo el derecho de nombrar ministros de guerra, la marina, asuntos exteriores y la corte imperial, pero un nuevo presidente del consejo nombró, sujeto a la aprobación del zar, los ministros restantes y estaba facultado para coordinar y supervisar las actividades de todos los ministerios. . El consejo reorganizado debía reunirse periódicamente y revisar todas las propuestas legislativas antes de su presentación a la Duma propuesta. Aunque se parecía a un gabinete de estilo occidental en algunos aspectos, el nuevo Consejo de Ministros no era responsable ante el cuerpo legislativo a punto de ser formado y seguía dependiendo en gran medida del apoyo del zar.
Además, el conde Witte, como presidente del consejo o primer ministro, no pudo implementar completamente la nueva estructura. Varios ministros continuaron reportando directamente al zar. Sin embargo, el consejo sobrevivió a la destitución de Witte por parte de Nicolás II en la primavera de 1906, y su poder pronto se amplió para incluir la consideración de la legislación cuando la Duma no estaba en sesión. El Consejo de Ministros siguió siendo el principal órgano ejecutivo del zar hasta su derrocamiento en la Revolución de febrero de 1917.