La Flota del Mar Negro nació en 1783, cuando se formaron unidades navales en la Bahía de Akhtiar (y desde 1784 en Sebastopol) para servir en el Mar de Azov y en las guerras contra Turquía. Durante la Guerra de Crimea (1853–1856) libró varias batallas navales y sus marineros se desplegaron en tierra en la defensa de Sebastopol. La Conferencia de Paz de París en 1856 permitió a Rusia tener unidades navales en el Mar Negro, un derecho ampliado por la Conferencia de Londres de 1871. Al comienzo de la Primera Guerra Mundial, la Flota del Mar Negro constaba de cinco acorazados, dos cruceros, diecisiete destructores y varios buques auxiliares; durante el conflicto participó en varias acciones contra los alemanes y los turcos.
La flota también se convirtió en un centro de actividad revolucionaria. En 1904 se organizaron células socialistas entre sus marineros, y esto provocó el motín en el acorazado Potemkin el año siguiente. En diciembre de 1917, los bolcheviques y otras facciones estaban activos entre los marineros. En mayo de 1920, las unidades que se habían puesto del lado de los bolcheviques se organizaron como unidades navales del Mar Negro y Azov, las cuales participaron en la lucha contra las fuerzas blancas de Peter Wrangel. El Décimo Congreso del Partido en 1921 decidió formar una flota en el Mar Negro y el Mar de Azov utilizando dos destructores reparados y cinco buques de escolta. A lo largo de los años, estos se reforzaron sustancialmente con la incorporación de barcos más grandes y aviación naval. El 11 de enero de 1935, el Consejo de Comisarios del Pueblo combinó las unidades de Azov y del Mar Negro para formar una nueva Flota del Mar Negro. El Gran Terror se cobró un gran número de víctimas entre los oficiales navales y todos los comandantes de la flota fueron purgados. En enero de 1938, IS Iumashev fue nombrado comandante, solo para ser reemplazado por FS Oktiabrsky en agosto de 1939.
Al comienzo de la Segunda Guerra Mundial, la flota tenía un acorazado, seis cruceros, diecisiete destructores y numerosos cortadores, mineros, barrenderos, torpederos y buques auxiliares. También tenía 625 aviones. La Luftwaffe, que operaba con poca oposición en los primeros días de la guerra, destruyó muchos barcos e instalaciones portuarias soviéticas, pero, no obstante, la Flota del Mar Negro logró evacuar Odessa y Sebastopol. Sin embargo, en general, el desempeño del Ejército Rojo en Crimea en 1941 y 1942 fue una sucesión de derrotas a manos de un enemigo superado en número y en armas. Durante octubre y noviembre de 1941, el vicealmirante GI Levchenko comandó la defensa de Crimea, pero en diciembre fue arrestado y sentenciado a diez años (luego liberado). Cuando las fuerzas alemanas avanzaron hacia el Cáucaso, la Flota del Mar Negro desembarcó tropas detrás de sus líneas en Novorossiysk, una batalla inconclusa glorificada cuando Leonid Brezhnev estaba en el poder debido a su participación como oficial político. En 1943, con la derrota alemana en Stalingrado y la retirada del Cáucaso, la armada realizó otro desembarco en Kerch, que también fracasó. En mayo de 1943 Oktiabrsky fue reemplazado por LA Vladimirsky, pero fue reintegrado en marzo de 1944 y continuó como comandante hasta noviembre de 1948. En 1944 y 1945, la Flota del Mar Negro y la Flotilla del Danubio apoyaron las operaciones ofensivas del Ejército Rojo en el sureste de Europa.
A partir de la década de 1950, la Flota del Mar Negro comenzó a recibir nuevos barcos y fue un componente importante del avance soviético en el Mediterráneo y el tercer mundo, pero su acumulación se vio empañada por una explosión en el Novorossiysk en octubre de 1955, el mayor desastre en tiempos de paz en la historia de la Armada Soviética, que le costó el puesto al comandante en jefe de la Armada, el almirante NG Kuznetsov. La acumulación, que incluso incluyó la introducción de portaaviones, continuó hasta la desintegración de la Unión Soviética. Después de 1991, Rusia y Ucrania reclamaron la propiedad de la flota. Un acuerdo el 28 de mayo de 1997 otorgó a Rusia los barcos más modernos y un arrendamiento de veinte años en la base naval de Sebastopol. La Flota del Mar Negro es ahora una sombra de lo que alguna vez fue su orgullo, en descomposición junto con otros activos militares rusos.