La Flota Báltica, que controla las bases navales de Kronstadt y Baltiysk, tiene su sede en el Óblast de Kaliningrado (antes llamado Königsberg), una región que una vez formó parte de Prusia Oriental. Hoy Kaliningrado es un enclave ruso completamente aislado del resto de Rusia por Lituania y Polonia (ahora miembro de la OTAN). Por lo tanto, aunque la flota está defendida por una brigada de infantería naval, su ubicación es potencialmente la más vulnerable de las principales flotas navales rusas. Mientras que la base naval de Baltiysk se encuentra en la costa del Mar Báltico de Kaliningrado al oeste, la base de Kronstadt está situada en la isla de Kotlin en el Golfo de Finlandia, a unos 29 kilómetros (18 millas) al noroeste de San Petersburgo. La base naval ocupa la mitad de la isla, que tiene unos 12 kilómetros (7.5 millas) de largo y 2 kilómetros (1.25 millas) de ancho. Los motines de Kronstadt ocurrieron en 1825 y 1882 y jugaron un papel en las revoluciones de 1905 y 1917. En marzo de 1921, una revuelta de los marineros, firmemente leales a los bolcheviques durante la revolución, precipitó la Nueva Política Económica de Vladimir Lenin. Los marineros de Kronstadt también jugaron un papel importante en la Segunda Guerra Mundial en la defensa de San Petersburgo (entonces Leningrado) contra los alemanes.
Cuando colapsó la Unión Soviética, la independencia de Estonia, Letonia y Lituania privó al nuevo estado ruso de bases clave en el Mar Báltico. El Óblast de Kaliningrado de 15,000 kilómetros cuadrados (5,800 millas cuadradas) entre Polonia y Lituania siguió siendo la única salida naval sin hielo de la flota hacia el Mar Báltico. Uno de los primeros pasos que se tomaron a finales de la década de 1990 para reformar la Flota del Báltico fue incorporar unidades de defensa aérea en la estructura de la Flota del Báltico. Un segundo paso fue reestructurar las tropas terrestres y costeras en las unidades de la Flota del Báltico. A partir de 2000, estas fuerzas consistían en la División Proletaria Moscú-Minsk, una Brigada de Infantería de Marina, Unidades Costeras de Cohetes y varias bases en las que se guardaban armas y equipo. La Flota del Báltico no incluía ningún submarino de misiles estratégicos, pero a mediados de 1997 incluía a treinta y dos grandes combatientes de superficie (tres cruceros, tres destructores y veintiséis fragatas), más de 230 otros buques de superficie, aproximadamente doscientos aviones navales, nueve submarinos tácticos y una brigada de infantería naval.
A mediados de 2000, la Flota del Báltico incluía alrededor de un barco de combate de varios tipos, y las unidades del Sea Aviation Group de la flota estaban equipadas con un total de 112 aviones. Las fuerzas operativas a partir de 1996 incluían nueve submarinos, veintitrés combatientes de superficie principales (tres cruceros, dos destructores y dieciocho fragatas) y aproximadamente sesenta y cinco buques más pequeños. La Flota del Báltico incluía una brigada de infantería naval y dos regimientos de artillería de defensa costera. El brazo aéreo de la Flota del Báltico incluía 195 aviones de combate organizados en cinco regimientos y varios otros aviones y helicópteros de ala fija. En general, las fuerzas armadas comparables en tamaño a todo el ejército polaco se han estacionado en el Óblast de Kaliningrado.
En 1993 aumentó la presión por la autonomía de la Federación de Rusia. El setenta y ocho por ciento de la población (alrededor de 900,000) es rusa. Algunos afirmaron que, aunque Königsberg fue otorgado a la Unión Soviética en virtud del Acuerdo de Potsdam en 1945, la Federación de Rusia no tenía ningún título legal sobre el enclave. Los críticos polacos y otros afirmaron que la guarnición debería reducirse a un nivel de suficiencia razonable. Sin embargo, desde que Polonia fue admitida en la OTAN en 1999, los nacionalistas rusos han argumentado que Kaliningrado es un puesto de avanzada vital en un momento en el que Rusia está amenazada por Polonia o incluso Lituania, si ese país también es admitido en la OTAN.