Cuando la Asamblea General de Virginia promulgó el Estatuto de Libertad Religiosa el 16 de enero de 1786, fue la declaración más completa sobre la libertad religiosa en la nueva nación estadounidense. Thomas Jefferson había redactado originalmente esta medida durante la Revolución como parte de una revisión general de las leyes de Virginia. Constaba de tres secciones. El preámbulo proporcionó un argumento largo y elocuente a favor del derecho absoluto de la conciencia religiosa. Definía la religión como una cuestión de opinión que sólo podía formarse correctamente mediante la razón y la persuasión. Por lo tanto, ninguna legislatura o magistrado tenía autoridad legítima para establecer u obligar a las creencias religiosas o exigir a las personas que contribuyan a ellas. Jefferson concluyó el preámbulo con una sonora afirmación de que la mente humana liberada finalmente descubriría la verdad por sí misma. Luego vino una breve cláusula de habilitación que prohibía cualquier restricción a la conciencia, garantizaba el ejercicio libre completo de la religión y declaraba la religión irrelevante para los derechos civiles de uno. La sección final declaró que la libertad religiosa es una cuestión de derechos naturales, y que cualquier legislatura futura que revoque o limite la libertad inherente al estatuto violaría esos derechos.
El estatuto de Jefferson se introdujo por primera vez en la legislatura como parte del código de ley revisado el 12 de junio de 1779, pero se pospuso su consideración. Más tarde ese año, la asamblea consideró otra medida que habría establecido efectivamente el cristianismo como religión del estado. Eso también se pospuso, pero la religión revivió como una de las principales preocupaciones cuando terminó la guerra en 1783. Se necesitaba un acuerdo definitivo. Durante el período colonial, la Iglesia de Inglaterra se estableció en el Viejo Dominio. Los impuestos públicos y las concesiones de tierras públicas habían apoyado a su clero, la ley colonial había exigido la asistencia a sus servicios y las sacristías laicas de las parroquias habían gestionado los asuntos civiles y religiosos. Los disidentes de la iglesia establecida, principalmente bautistas, presbiterianos y cuáqueros, habían disfrutado de una tolerancia limitada. El artículo decimosexto de la Carta de Derechos de Virginia, aprobado por la convención revolucionaria de Virginia en junio de 1776, reconocía el derecho al "libre ejercicio de la religión", pero no comprendía las implicaciones de ese derecho. El otoño siguiente, la nueva legislatura estatal no desestableció la iglesia, ni eliminó todas las restricciones sobre otros grupos religiosos. El único cambio importante durante la Revolución fue la decisión de acabar con los impuestos religiosos.
Para cuando llegó la paz, la iglesia establecida, recientemente rebautizada como Iglesia Episcopal Protestante en Virginia, se encontraba en una situación financiera y organizativa desesperada. Una convención del clero en junio de 1784 solicitó a la legislatura un acto de incorporación para que pudiera administrar los asuntos de la iglesia. El otoño siguiente, la Asamblea General hizo precisamente eso. Mientras tanto, Patrick Henry propuso un proyecto de ley de evaluación general para apoyar a los "Maestros de la religión cristiana" que permitiría a cada persona designar al clérigo o al cuerpo religioso que recibiría el dinero de los impuestos. Con Jefferson sirviendo como ministro estadounidense en Francia, James Madison lideró las fuerzas anti-evaluación. Antes de que la medida de Henry pudiera aprobarse, maniobró la elección de Henry para el puesto de gobernador y fuera de la legislatura. Luego convenció a la asamblea de posponer el proyecto de ley de evaluación hasta que se pudiera consultar a la gente.
En la primavera y el verano de 1785, una campaña de petición masiva barrió Virginia. Madison redactó su Memorial y Remonstrance contra la evaluación y fue ampliamente distribuido. Pero por cada persona que firmó la protesta de Madison, otras diez firmaron peticiones explícitamente religiosas (peticiones que expresaban un conjunto de argumentos predominantemente religiosos [eclesiales, bíblicos]), principalmente el trabajo de bautistas y presbiterianos, que también se opusieron a la evaluación. Para aquellos que habían sido etiquetados como disidentes, la incorporación de la Iglesia Episcopal apareció como una señal de un renovado favor legislativo para lo que había sido un establecimiento colonial opresivo. Ahora, la evaluación parecía diseñada deliberadamente para permitir que esa iglesia reviviera. Sus peticiones pedían que la religión fuera completamente voluntaria. Cuando la asamblea se reunió en el otoño de 1785, las peticiones a la legislatura se opusieron abrumadoramente a la evaluación. El proyecto de ley de tasación ni siquiera se consideró. En cambio, Madison presentó el estatuto de Jefferson y, después de pequeñas revisiones al preámbulo, se convirtió en ley en enero. En 1787, la asamblea anuló la ley de incorporación y en 1799 derogó todas las leyes relativas a la religión, excepto el estatuto de Jefferson, que constituía la única base para interpretar la declaración de derechos y la constitución del estado. En la próxima convención constitucional del estado en 1829-1830, el trabajo de Jefferson se incorporó formalmente a la constitución de Virginia.
El estatuto de Virginia estipulaba la total libertad religiosa en Virginia. También sirvió como un gran impulso para la aprobación de la cláusula de religión de la Primera Enmienda a la Constitución de los Estados Unidos y como una referencia importante para la interpretación posterior de esa enmienda por parte de la Corte Suprema de los Estados Unidos. Jefferson estaba tan complacido con su logro que ordenó que se inscribiera su autoría en su lápida.