Exploraciones Cuando los españoles fundaron el gran imperio azteca en México en 1519 y comprendieron tanto sus riquezas inmediatas como su potencial para generar riqueza en el futuro, naturalmente buscaron otros grandes imperios. Encontraron al Inca en Perú en 1529, pero entonces no podían saber que el Azteca y el Inca eran los únicos dos premios de ese tipo. La exploración también giró hacia el norte en lo que se convertiría en Texas, Arizona y Nuevo México. La primera caminata por el suroeste fue accidental. En 1528, Alvar Núñez Cabeza de Vaca (literalmente “cabeza de vaca”) formó parte de una expedición colonizadora a la costa del Golfo de Florida. La expedición fracasó, y él y otros tres llegaron a la costa de Texas y vivieron con varios grupos de indios, mientras viajaban hacia el oeste y el sur. En 1536, ocho años después, finalmente encontraron a otros españoles y se dirigieron a la Ciudad de México. Hablaron de grandes ciudades con grandes poblaciones. Los españoles esperaban que estas fueran Cibola, las famosas Siete Ciudades de Oro. La siguiente gran expedición, 1540-1542 bajo el mando de Francisco Vásquez de Coronado, intentó encontrar estas ciudades. Con trescientos soldados, seis frailes franciscanos, cientos de indios, mil caballos y seiscientos animales de carga, Coronado marchó hacia los pueblos indígenas, llegando primero a los Zuni, quienes ya habían mostrado su hostilidad a la invasión española al hacer retroceder al misionero. Fray Marcos de Niza el año anterior. Coronado estaba mejor preparado y pudo derrotar a varias aldeas Zuni y Hopi. Durante el invierno de 1540-1541 llegó hasta Barnalillo, Nuevo México, y se las arregló para enemistarse con la mayoría de los nativos americanos de la zona. En 1541 regresó a México, dejando atrás a dos frailes que pronto fueron asesinados por los indios. En 1573, Felipe II de España, angustiado por las muertes de indios a raíz de la colonización española, promulgó una nueva ordenanza que prohibía las empresas militares destructivas como la de Coronado y requería esfuerzos misioneros. Algunos historiadores consideran este el tercer y último período de la colonización española: conversión y asentamiento.
Nuevo Mexico. La primera gran empresa colonizadora en lo que se convertiría en Nuevo México fue una empresa privada autorizada por la Corona pero contratada por el rico Juan de Oñate. Creció en Nueva España y su padre había invertido en las grandes minas de plata de Zacatecas. En 1598 partió con 400 soldados, colonos, misioneros e indios mexicanos hacia el Río Grande.
Valle. Allí estableció un asentamiento, pero pronto se enfrentó a los indios Pueblo, a quienes exigió alimentos y otros bienes. Se rebelaron y con el tiempo Oñate perdió el control de su colonia. En 1610 fue reemplazado como gobernador por Pedro de Peralta, quien trasladó a los colonos a Santa Fe, el tercer asentamiento europeo permanente más antiguo de los Estados Unidos después de Saint Augustine y Jamestown. En la década de 1630 había 250 españoles, 750 indios y alrededor de dos docenas de frailes franciscanos que servían en veinticinco misiones. Santa Fe, y de hecho todo el suroeste, resultó ser una tierra de escasos recursos minerales, dejando el trabajo que los indios podían obligarles como único camino hacia la riqueza. El trabajo forzoso incluía pastoreo, trabajo agrícola, herrería, platería y trabajo doméstico. Por tanto, las relaciones hispano-indias se basaron en la explotación, lo que condujo al resentimiento. En 1680 los indios Pueblo formaron una confederación y expulsaron a los españoles en lo que se conoce como la Revuelta Pueblo. Mataron a 21 de 33 franciscanos y 401 colonos. Los 1,946 blancos restantes huyeron a El Paso del Norte, ahora Ciudad Juárez al otro lado del Río Grande desde Laredo, Texas. Los españoles recuperaron gradualmente el control de los pueblos y en 1693 se dispusieron a reubicar a Santa Fe, convirtiéndola en un presidio (fuerte) con 100 soldados. En 1695 las familias se fueron para establecer la segunda ciudad de Nuevo México, Santa Cruz de la Cañada; once años más tarde se fundó Albuquerque. También se restablecieron veintiuna misiones. En 1749, la población española de Nuevo México había aumentado a unas 4,300 personas. Mientras tanto, la población india disminuyó drásticamente; las estimaciones de 17,000 en 1679 dieron paso a unas 9,000 en 1693. Las poblaciones de Pueblo disminuyeron lentamente hasta 1860.
Texas. Mientras España estaba preocupada por la hostilidad de los indios en el oeste de Texas, tenía que temer a otros europeos a lo largo de la costa del golfo del este de Texas. En 1682, Robert Cavalier, señor de La Salle, bajó por el río Mississippi reclamándolo para Francia. El Mississippi dividió los reclamos de España en La Florida en el este y Nuevo México en el suroeste. Los franceses en el valle de Mississippi también presionaron a los nativos americanos para que se movieran más al oeste, donde entraron sin autorización en los terrenos de caza de Apache y Navajo. Los españoles respondieron fortaleciendo sus fuertes. Los primeros asentamientos en el este de Texas incluyeron un puesto de avanzada en San Francisco de los Neches. En 1691, 6 misioneros y 16 soldados se apostaron allí, pero el asentamiento fue abandonado en 1693. Los complejos presidio-misionero marcaron el camino que tomaron los españoles en el este de Texas. En 1716, en respuesta a los franceses en Luisiana, unas 80 personas, incluidos 11 franciscanos, 25 soldados y 40 hombres, mujeres y niños, fueron enviados a establecer misiones y el presidio de San Juan. El asentamiento en sí se llamaba Los Adaes. Estas áreas estaban cerca de los franceses. En 1718 se establecieron el presidio de San Antonio de Béjar y la misión de San Antonio de Valera. Cerca de ellos se creó un pueblo en 1731 que se convertiría en San Antonio. Dieciséis familias de canarios, unas 55 personas, ayudaron a iniciar este asentamiento. Finalmente, se inició un tercer complejo presidio-misionero en 1721 cerca de la Bahía Espíritu Santo en La Bahi en el río Guadalupe. Estos fueron los únicos tres asentamientos que sobrevivieron. En 1760 había 1,190 no indígenas viviendo en Texas.
Arizona La parte norte de la gran área conocida en español como Pineria Alta es la actual Arizona. Como Nuevo México, fue explorado por primera vez por Alvar Núñez Cabeza de Vaca en 1530 y por Francisco Vásquez de Coronado. A fines del siglo XVI, los franciscanos habían establecido misiones entre los indios. Los jesuitas, sin embargo, tenían control sobre esta parte del mundo, y en 1651 los franciscanos se fueron. Durante veinticuatro años, el padre Eusebio Francisco Kino trabajó entre los indígenas con resultados dispares. Los que dependían de la agricultura de regadío eran más fáciles de cristianizar que los nómadas y los cazadores. El impulso español para establecer pueblos indígenas fue contraproducente, ya que estos pueblos eran objetivos fáciles para los asaltantes apaches. Los españoles finalmente se establecieron en Arizona en 1752 cuando construyeron un presidio en Tubac. Construyeron solo uno en Tucson en 1776 cerca de lo que había sido una de las misiones del padre Kino. California se quedó aún más atrás y no tuvo asentamientos europeos en esta época.