El episcopado de la Iglesia Ortodoxa Rusa (Patriarcado de Moscú) abarca todo el cuerpo de obispos que gobiernan las diócesis y supervisan el clero, además de realizar y administrar los sacramentos de la iglesia. El episcopado se extrae exclusivamente de las filas del clero célibe "negro", aunque también se pueden reclutar viudos que toman votos monásticos. El patriarca de Moscú y de toda Rusia y los rangos eclesiásticos por debajo de él —metrópolis, arzobispos, obispos y hegumens— componen el liderazgo de la iglesia. El patriarca y los metropolitanos tienen poder sobre la jerarquía de la iglesia y llevan a cabo los debates que producen (o resisten) el cambio dentro de la iglesia.
Se cree ampliamente que la ortodoxia oriental se introdujo en la Rus de Kiev en 988 d.C. Al principio, la iglesia rusa estaba gobernada por metropolitanos nombrados por el patriarcado de Constantinopla del clero griego activo en las tierras rusas. Cuando la iglesia rusa obtuvo su independencia de Constantinopla en 1448, el metropolitano Jonas, residente en el puesto de avanzada de Moscú, recibió el título de metropolitano de Moscú y toda Rusia. El metropolitano Job de Moscú se convirtió en el primer patriarca ruso en 1589, estableciendo así la independencia de la iglesia rusa de la ortodoxia griega.
El estrecho vínculo entre las autoridades eclesiásticas y temporales en Rusia refleja la influencia cultural bizantina. La alianza entre la Iglesia y el Estado terminó con el reinado de Pedro el Grande (1682-1725). Al ver a la Iglesia Ortodoxa Rusa como un cuerpo conservador que frustraba sus intentos de modernizar el imperio, no nombró un sucesor cuando el Patriarca Adrián murió en 1700 y en su lugar nombró a un obispo más abierto a la occidentalización. En 1721, Pedro abolió el patriarcado y nombró una junta colegiada de obispos, el Santo Sínodo, para reemplazarlo. Este organismo estaba sujeto a la autoridad civil y era similar en estructura y estatus a otros departamentos del estado.
Los reinados de Pedro III (1762-1763) y Catalina II (1762-1796) llevaron las reformas de Pedro el Grande a su lógica conclusión, confiscando las propiedades de la iglesia y sometiéndola administrativamente al estado. Se autorizó a un superprocurador (laico) para supervisar la iglesia, nombrar funcionarios importantes y dirigir las actividades del Santo Sínodo. La extensión total del control del superprocurador se realizó bajo el conservador Konstantin Pobedonostsev (1880-1905), quien mantuvo al episcopado en sumisión.
Los llamamientos a la reforma durante el reinado del zar Nicolás II (1894-1917) incluían demandas para el fin del control estatal de la iglesia. En general, los obispos estaban descontentos con el Santo Sínodo y el papel desempeñado por el superprocurador. Nicolás II respondió otorgando a la iglesia una mayor independencia en 1905 y accediendo a permitir un concilio que los funcionarios de la iglesia anticiparon que resultaría en la liberalización de la iglesia. En 1917, cuando finalmente se convocó el concilio, pidió la restauración del patriarcado y la soberanía de la iglesia, y la descentralización de la administración de la iglesia.
La Revolución de Octubre trajo un cambio radical en el estatus del episcopado. Los bolcheviques implementaron una política de inequívoca hostilidad hacia la ortodoxia, alimentada por el ateísmo de la doctrina marxista-leninista y también por el legado de la iglesia como defensora del gobierno imperial. Los obispos eran un objetivo especial y, junto con sacerdotes, monjes, monjas y laicos, eran perseguidos con cualquier pretexto. Casi todo el episcopado fue ejecutado o murió en campos de trabajo. En 1939 solo cuatro obispos quedaron libres. A lo largo del período soviético, el número de obispos aumentó y disminuyó según los caprichos de la política religiosa del régimen comunista.
Si bien inicialmente el episcopado fue hostil a los bolcheviques, la persecución sostenida de los creyentes hizo evidente que si la Iglesia deseaba sobrevivir como institución tendría que cambiar de posición. En 1927 el Patriarca Sergei, hablando en nombre de la Iglesia, emitió una "Declaración de Lealtad" a la Patria Soviética, "cuyas alegrías y éxitos son nuestras alegrías y éxitos, y cuyos reveses son nuestros reveses" Esta capitulación inició uno de los capítulos más controvertidos de la historia del episcopado. Las autoridades soviéticas nombraron a todos los oficiales importantes de la iglesia y destituyeron a cualquiera que desafiara su gobierno. El régimen y el liderazgo de la iglesia trabajaron juntos para erradicar grupos y sectas cismáticos. Mientras tanto, los prelados aseguraron a la comunidad internacional que las acusaciones de persecución religiosa eran mera propaganda antisoviética.
La reinstitucionalización de la Iglesia ortodoxa durante los años de la perestroika marcó el fin de la subordinación del episcopado al régimen ateo. La Iglesia Ortodoxa ocupó un lugar destacado en las discusiones sobre la renovación y regeneración de la sociedad soviética. En la Rusia poscomunista, el patriarca y otros dignatarios ortodoxos se convirtieron en figuras públicas de alto perfil. El episcopado ha influido en el debate político, sobre todo en las deliberaciones sobre la nueva legislación religiosa a mediados y finales de los noventa. El fin del comunismo también produjo nuevos desafíos para el episcopado. Los movimientos cismáticos, la competencia de otras religiones y los sacerdotes reformistas han creado divisiones y han amenazado la preeminencia de la Iglesia Ortodoxa.