Divisiones federalistas. Las victorias federalistas en las elecciones al Congreso de 1798 y el apoyo público a la misión de paz de Adams en Francia en noviembre de 1799 fueron señales alentadoras para los federalistas en las elecciones presidenciales de 1800. Pero el éxito de la misión de paz de Adams también amenazó el futuro del ejército ampliado de Alexander Hamilton y privó los "Altos Federalistas" de la posición de que su versión del federalismo era el único medio para proteger a la nación de la invasión francesa y la subversión republicana. En mayo de 1800, un grupo de congresistas federalistas prometió el apoyo equitativo del partido al presidente John Adams y al candidato a vicepresidente Charles Cotes -worth Pinckney de Carolina del Sur, supuestamente para evitar la victoria republicana, pero Hamilton supuso que el apoyo a Pinckney en Carolina del Sur traería la victoria. a Pinckney, no a Adams. Un Adams indignado explotó ante las manipulaciones políticas de Hamilton, que creía que ya le habían costado las elecciones en Nueva York, donde la victoria republicana en las elecciones estatales resultó en el control de la legislatura y la elección de los electores presidenciales republicanos. En una reunión con el secretario de Guerra James McHenry, Adams denunció a Hamilton como "un hombre desprovisto de todos los principios morales" ya McHenry como una herramienta de Hamilton. Adams luego despidió a McHenry y al secretario de Estado Timothy Pickering, otro partidario de Hamilton. Hamilton respondió con un panfleto titulado Carta de Alexander Hamilton, sobre la conducta pública y el carácter de John Adams, Esq., Presidente de los Estados Unidos (1800). El mordaz ataque de Hamilton contra el “repugnante egoísmo”, los “celos indignados”, la “indiscreción ingobernable” y la “vanidad sin límites” de Adams se hizo público cuando Aaron Burr, el candidato republicano a la vicepresidencia, distribuyó el panfleto de Hamilton a los periódicos. Los republicanos aprovecharon al máximo la traición, el rencor y la desunión política entre los federalistas revelados en el panfleto de Hamilton para presentar a su partido como un partido nacional unificado dedicado a los principios republicanos y al bien público.
Los republicanos se unen. En mayo de 1800, la bancada republicana del Congreso se unió detrás de Thomas Jefferson, quien ya no era el candidato reacio de 1796. La exitosa organización política de Aaron Burr en Nueva York, que dio a los republicanos el control de la legislatura estatal y el nombramiento de los electores presidenciales republicanos, le valió la nominación a la vicepresidencia y el apoyo nacional que faltaba en las elecciones de 1796. En panfletos y periódicos, los republicanos atacaron a los federalistas por los altos impuestos y las amenazas a la libertad planteadas por el ejército ampliado y las Leyes de Extranjería y Sedición. En sus condenas al presidente Adams, los republicanos tenían muchas citas para elegir en el panfleto de Hamilton sobre los múltiples defectos de carácter de Adams. Los republicanos también utilizaron la prensa para presentar la “plataforma” de Jefferson, prometiendo un gobierno limitado, la condonación de la deuda nacional y la restauración de las libertades civiles que los federalistas habían violado. El uso exitoso de la prensa por parte de los republicanos puede haber contribuido al apoyo popular a Jefferson, pero no necesariamente se tradujo en una victoria electoral. En diez de los dieciséis estados, la legislatura eligió electores y en tres estados los electores fueron elegidos por elecciones de distrito. En Pensilvania, el apoyo popular a los republicanos se hizo evidente en las elecciones del Congreso, donde los votantes eligieron a diez republicanos y sólo a tres federalistas, pero los electores presidenciales fueron elegidos por una legislatura más estrechamente dividida. La Cámara Republicana y el Senado Federalista se comprometieron, nombrando a ocho electores republicanos y siete federalistas. Las elecciones de distrito en Maryland y Carolina del Norte dieron como resultado que el apoyo se dividiera entre electores federalistas y republicanos. La campaña electoral republicana tuvo más éxito en Carolina del Sur, donde el republicano Charles Pinckney, pariente del candidato federalista a la vicepresidencia Charles Cotes -worth Pinckney, usó promesas de patrocinio, que fueron honradas por Jefferson, para asegurarse de que la legislatura eligiera ocho electores comprometidos con Jefferson y Burr.
La Revolución de 1800. Al tratar de influir en la elección de los electores federalistas, los federalistas denunciaron a Jefferson como "un ateo aullador", un "voluptuoso intelectual" y el padre de niños esclavos mulatos. En contraste, "A Republican", escrito en Newport, Rhode Island Guardián de la libertad, llamados partidarios de Jefferson Republicanos en el verdadero significado del término, patriotas del 76 ... en fin, todos verdadero Estadounidenses "y condenó a los federalistas como" amigos de la monarquía ... especuladores, traficantes de tierras y monopolistas, agentes británicos y mercenarios, estadounidenses degenerados ". La hábil organización del partido se hizo evidente en las elecciones del Congreso, donde los republicanos obtuvieron 66 de los 106 escaños en la Cámara de Representantes. Todos los electores federalistas menos uno dividieron sus votos entre Adams y Pinckney, mientras que los electores republicanos dividieron sus votos en partes iguales entre Jefferson y Burr. El resultado final mostró a Jefferson y Burr con setenta y tres votos cada uno, Adams con sesenta y cinco y Pinckney con sesenta y cuatro. El vínculo entre Jefferson y Burr dejó en manos de los miembros del Sexto Congreso controlado por los federalistas, no del recién elegido Séptimo Congreso republicano, decidir entre Jefferson y Burr. En treinta y cinco votaciones, Jefferson llevó ocho estados a los seis de Burr, con Vermont y Maryland divididos, dejando a Jefferson a uno menos de los nueve estados necesarios para la elección. James Bayard de Delaware, cansado de esperar a que Aaron Burr solicitara su apoyo y asegurado por el senador Samuel Smith de Maryland que Jefferson no pondría en peligro la política económica o exterior federalista ni destituiría a funcionarios gubernamentales subordinados, decidió apoyar a Jefferson. Bayard y representantes federalistas de Carolina del Sur, Vermont y Maryland presentaron boletas en blanco, lo que permitió que los votos republicanos en Vermont y Maryland le dieran la elección a Jefferson. (Debido a esta elección, en 1804 se adoptó la Duodécima Enmienda, que proporcionaba papeletas separadas para presidente y vicepresidente). La "revolución de 1800" marcó una nueva etapa en la evolución de la política de partidos: la transición pacífica del poder de un partido político a otro.