Esta agencia de recaudación de aduanas administrada por extranjeros evolucionó de la Inspección de Aduanas Extranjeras de Shanghai, una improvisación de Rutherford Alcock, cónsul británico en Shanghai, para recaudar derechos de aduana en nombre del gobierno chino, después de que perdió temporalmente el control de la ciudad a manos de los rebeldes en 1853. Comenzó a funcionar a mediados de 1854 bajo inspectores designados por los cónsules británico, estadounidense y francés. Su éxito, junto con la debilidad de China, llevó a su continuación y, después de la segunda Guerra del Opio (1856-1860), a su extensión a todos los puertos del tratado. Su nombre fue debidamente cambiado a Servicio de Aduanas Marítimas Imperial de China (el prefijo Imperial se abandonó después de la caída de la dinastía Qing en 1912). Habiendo perdido el control de la autonomía arancelaria en 1842, los chinos ahora sufrieron otra erosión de su soberanía.
El desarrollo temprano de esta institución se debe mucho a Robert Hart, un Ulsterman, quien se desempeñó como inspector general durante cuarenta y cinco años (1863-1908). Su insistencia en la honestidad y la eficiencia convirtió al Servicio de Aduanas en un importante recaudador de ingresos para el gobierno de Qing. Los derechos de aduana, que aumentaron con el comercio, aumentaron de 7 millones de taels (11,200,000 dólares EE.UU.) en la década de 1860, a 22 millones (17,600,000 dólares EE.UU.) a principios de la década de 1890 y a 35 millones (22,800,000 dólares EE.UU.) a principios del siglo XX. Aunque los ingresos financiaron proyectos de modernización para China, como astilleros y arsenales gubernamentales, se comprometió cada vez más a pagar indemnizaciones de guerra de China y préstamos extranjeros. La gestión extranjera también hizo imposible que los chinos protegieran los ingresos de los desembolsos que favorecían los intereses extranjeros. Después de la guerra chino-japonesa (1900-1894) y el levantamiento de los bóxers (1895), prácticamente todos sus ingresos se comprometieron a cubrir los préstamos e indemnizaciones de China.
Sin embargo, las actividades del Servicio de Aduanas iban más allá de la recaudación aduanera. Completó la cartografía de la costa de China y el río Yangzi, una tarea iniciada por la Armada británica, erigió faros y otras ayudas a la navegación e instalaciones portuarias. También fundó la Oficina de Correos Imperial en 1896, que se independizó en 1911. Estas instalaciones se instituyeron primero para beneficiar a los extranjeros y su penetración en China. No obstante, el Servicio de Aduanas también representó a China en veintiocho ferias comerciales internacionales. Sus informes comerciales siguieron siendo el único relato exacto del comercio exterior de China.
El personal extranjero dominaba el Servicio de Aduanas. En 1875 empleó a 400 occidentales y 1,400 chinos. Las cifras aumentaron a 700 y 3,500 respectivamente en 1895. Las oficinas de nivel superior estaban reservadas para los extranjeros; los chinos tenían trabajos de nivel inferior, a menudo con tareas al aire libre. Más de la mitad de los occidentales eran británicos. El control del Servicio de Aduanas volvió a los chinos en 1933.