El nombre "Iglesia Congregacional" entró en uso general durante esos años de transición cuando las antiguas iglesias puritanas de Massachusetts y Connecticut estaban perdiendo su estatus privilegiado, entre el estallido de la Revolución Americana y la disolución final: 1818 para Connecticut y 1833 para Massachusetts. En la década de 1720, los anglicanos (más tarde llamados episcopales), los bautistas y los cuáqueros fueron eximidos de pagar impuestos para sostener las iglesias establecidas, pero su número era reducido. La era de la Revolución Americana vio un gran crecimiento entre los bautistas; en 1790, la nueva denominación metodista también estaba creciendo rápidamente. Ambos hicieron incursiones en Nueva Inglaterra y para 1820 casi un centenar de parroquias congregacionales se habían declarado unitarias, casi todas en el este de Massachusetts. A medida que Estados Unidos crecía en población y territorio, la Iglesia Congregacional perdió terreno proporcionalmente, pero no del todo: la mayor parte del crecimiento se produjo en Nueva Inglaterra, pero se podían encontrar iglesias Congregacionales donde los habitantes de Nueva Inglaterra se asentaron en cantidades significativas. Las siguientes cifras demuestran tanto el crecimiento como el declive relativo de las iglesias congregacionales: 1740–423 parroquias, 1776–668 parroquias, 1820–1,100 parroquias, 1860–2,234 parroquias. Pero en 1740 los congregacionalistas tenían un tercio de las parroquias en las trece colonias británicas. En 1776, el 21 por ciento; en 1830, el 10.6 por ciento; y en 1860 ¡apenas un 4.25 por ciento!
En 1648 los puritanos, tanto congregacionalistas como presbiterianos, controlaron Inglaterra y Escocia e intentaron reformar permanentemente la Iglesia de Inglaterra con su Confesión de Fe de Westminster. Ese mismo año Massachusetts reunió un sínodo que incluyó la Confesión de Westminster en su Plataforma de Cambridge. Los congregacionalistas y presbiterianos siempre permanecerían cerca unos de otros en teología pero nunca podrían reconciliar sus ideas sobre el gobierno de la iglesia. Ambos insistieron en que sus ministros deberían recibir una educación completa; ambos también instaron a la educación en sus comunidades, y sus ministros a menudo mantenían escuelas. Ambos estuvieron de acuerdo en que las congregaciones individuales deben ser autónomas, y los miembros deben elegir a todos los funcionarios de la iglesia, incluido el ministro. Y ambos acordaron que los representantes de esas congregaciones deberían asociarse entre sí en ocasiones para discutir problemas comunes. Pero los presbiterianos insistieron en reuniones regulares, comités permanentes y autoridad real a nivel provincial y eventualmente nacional, mientras que los congregacionalistas, como los bautistas, siempre se han mostrado reacios a renunciar a la soberanía de la parroquia individual.
La década de 1750 encontró a las iglesias de Nueva Inglaterra divididas entre las Nuevas Luces, que abogaban por avivamientos, y las Antiguas Luces, quienes, por muy devotos que fueran, temían que los avivamientos produjeran más calor que luz. Independientemente de ese problema, la población creció rápidamente, lo que requirió un suministro constante de nuevas iglesias. Cuando casi todos los pueblos y aldeas podían mantener una sola iglesia, se reunía en un sencillo y utilitario centro de reuniones que también albergaba la reunión municipal del gobierno civil. Pero cuando las ciudades más grandes tenían dos o más iglesias, se hizo conveniente para el gobierno tener sus propios edificios, y las iglesias se dedicaron más particularmente a fines religiosos y educativos.
Si bien las iglesias congregacionales tenían requisitos más o menos estrictos para ser miembros, los miembros, incluidas las mujeres, podían votar y, por lo tanto, participar en la política de control. No es sorprendente que los gobiernos de sus ciudades se volvieran aún más democráticos en la práctica; naturalmente se siguió que las iglesias congregacionales de Nueva Inglaterra apoyaron unánimemente la Revolución Americana. Su apoyo al Partido Federalista durante la era de la Revolución Francesa y Napoleón (1789-1815) no se basó en el miedo al autogobierno popular; procedía de su reconocimiento de que Francia, especialmente bajo el Directorio y Napoleón, no era ni libre ni (en su sentido) cristiana.
Después de la independencia estadounidense, todas las iglesias se enfrentaron a su nuevo sentido de libertad religiosa y a los desafíos que presentaba el rápido crecimiento nacional. En 1801 Congregacionalistas y Presbiterianos desarrollaron un Plan de Unión para cooperar en la plantación de iglesias en el Oeste Americano. Los congregacionalistas también fundaron una sociedad misionera extranjera en 1810 y desempeñaron un papel destacado en las organizaciones interdenominacionales; la American Bible Society (1816), la American Tract Society (1825) y la American Sunday School Union (1824). En 1826, la sociedad misionera local modificó el plan de unión al incorporar otras denominaciones, en particular los bautistas. Los congregacionalistas plantaron nuevas universidades: Hamilton College en Nueva York (1812); Western Reserve College en Ohio (1826); y Illinois College (1829). Denominaciones en la tradición calvinista todavía lideraban a la joven nación en la calidad de sus instituciones educativas, especialmente en los casos de Harvard, Yale, Princeton y Andover Seminary. Junto con altos estándares de erudición, Yale y Andover enviaron a algunos de los líderes más efectivos del Segundo Gran Despertar.
Especialmente después de 1800, los congregacionalistas desarrollaron un estilo más distintivo de arquitectura eclesiástica. Los edificios de las iglesias se estaban convirtiendo en lo que siguen siendo en el siglo XXI: recordatorios públicos visibles de los servicios sagrados que se llevan a cabo regularmente en ellos. Las iglesias más prósperas instalaron órganos de tubos y contrataron a músicos expertos para tocarlos y mejorar el canto congregacional. Más de la mitad de los miembros de las iglesias congregacionales de finales del siglo XVIII y principios del XIX eran mujeres. Les tomaría casi dos siglos más convertirse en diáconos y ministros. Sin embargo, jugaron papeles cada vez más importantes: mejorar las comodidades de sus edificios; participar en el gobierno de la iglesia; y el avance de las sociedades para la reforma moral que comenzó a aparecer en todas partes.