En enero de 1886, un tribunal de circuito de California escuchó el caso de Condado de Santa Clara contra Southern Pacific Railroad Company. El gobierno del condado, cuya sede es San José, presentó una queja contra la compañía ferroviaria por el problema de la falta de pago de impuestos estatales de Southern Pacific. El estado había intentado recaudar impuestos para las cercas (que evaluó como "mejoras") que Southern Pacific erigió entre la carretera y las tierras adyacentes. La compañía de ferrocarriles argumentó que California no tenía la autoridad para evaluar los impuestos sobre la carretera o las cercas porque no tenía jurisdicción sobre estas tierras o las mejoras que se les hicieron. Los abogados de Southern Pacific sostuvieron que a la corporación se le habían otorgado las tierras a través de una ley federal que fue aprobada por el estado de California. El objeto declarado de la ley era "la construcción de una línea de ferrocarril y telégrafo desde el río Missouri hasta el Pacífico, que, para todos los fines de comunicación, viaje y transporte, en lo que respecta al público y al gobierno en general, debe ser operado 'como una línea continua conectada'. Por lo tanto, la evaluación se consideró nula.
El fallo favorable que recibió Southern Pacific en este caso provocó la indignación pública. El ferrocarril no solo controlaba la mayor parte del transporte de California, sino que ejercía una poderosa influencia política. Entre los oponentes más expresivos de Southern Pacific se encontraba William Randolph Hearst (1863-1951), quien, como editor de la Examinador de San Francisco periódico, lanzó un ataque contra las prácticas monopólicas de la empresa ferroviaria. En 1901, el Pacífico Sur se convirtió en una potencia mayor cuando el financiero Edward Harriman (1848-1909) lo adquirió junto con Central Pacific Railroad; Harriman dominaba así el tráfico ferroviario en Occidente. El monopolio de Harriman se convirtió en objeto de una investigación por parte de la Comisión de Comercio Interestatal (ICC) en 1906-1907.
La ruina de Southern Pacific vino en parte a manos del político Hiram Johnson (1866-1945), el candidato republicano progresista a gobernador de California en 1910, quien recorrió el estado con su promesa de "sacar al Ferrocarril del Pacífico Sur de la política". Al ganar las elecciones, Johnson y sus compañeros reformadores obtuvieron el control de ambas cámaras de la legislatura estatal en 1911 y luego aprobaron una legislación para regular los ferrocarriles y otros servicios públicos. En 1913, el fiscal general de los Estados Unidos procesó a los ferrocarriles Southern Pacific y Union, alegando que su fusión violaba la Sherman Anti-Trust Act de 1890.