El Concilio de la Iglesia de los Cien Capítulos (conocido por los rusos como el Stoglav ) fue convocada en Moscú en febrero de 1551 por el zar Iván IV y el metropolitano Makary, y asistieron representantes del consejo boyardo, nueve obispos y numerosos abades, priores y sacerdotes. El propósito del concilio era regular la relación de la iglesia con el estado, reformar su vida interna, fortalecer la autoridad de los obispos y erradicar las costumbres populares no cristianas de la población. No introduciría nada nuevo, pero limpiaría la iglesia rusa de irregularidades.
No se ha conservado ningún registro completo de las resoluciones del consejo, pero se conservó un relato parcial en un libro (el Stoglav ) dividido en cien capítulos, de los que toma el nombre el consejo. Iván abrió el proceso con un discurso en el que confesó sus pecados y pidió el arrepentimiento nacional, luego pidió al consejo que aprobara su nuevo código de ley de 1550 y los estatutos destinados a abolir la corrupción en la administración provincial. Después de esto, el zar presentó una lista de preguntas, aparentemente compiladas con la ayuda del metropolitano Makary y el sacerdote Sylvester, relacionadas con las deficiencias en la vida de la iglesia y la herejía entre la gente, y pidió al concilio que recomendara remedios.
En mayo de 1551, el Consejo de los Cien Capítulos había completado sus deliberaciones. Se confirmaron el nuevo código legal y los estatutos de Iván, pero la secularización propuesta de las tierras de la iglesia para la tenencia militar y la subordinación de los clérigos a la jurisdicción secular fue categóricamente rechazada. Cuando el zar confirmó la inviolabilidad de las posesiones de la iglesia, los obispos se comprometieron al acordar límites al aumento de la propiedad eclesiástica. Además, se redujeron los privilegios financieros de los monasterios y no se fundaron nuevos asentamientos monásticos libres de impuestos en las ciudades sin la aprobación del zar, aumentando así los ingresos fiscales de la corona. El consejo pidió que se corrigieran muchas irregularidades en la vida de la iglesia. Entre otras cosas, la borrachera entre el clero debía ser erradicada, los párrocos debían recibir una mejor educación y los sacerdotes y laicos por igual debían ser protegidos contra los rapaces recaudadores de impuestos episcopales. Se prohibieron las prácticas "paganas" y extranjeras populares entre los laicos, como jugar juglares en las bodas y afeitarse la barba.
Las decisiones del consejo hicieron posible estandarizar los libros religiosos, los rituales y la pintura de iconos y protegieron las posesiones de la iglesia y los derechos judiciales contra la usurpación estatal. Los obispos aumentaron su autoridad judicial sobre los monasterios y también ampliaron su supervisión del clero parroquial al nombrar una red de sacerdotes ancianos. Sin embargo, algunas de las resoluciones del consejo no se implementaron y otras resultaron infructuosas. La serie de decretos emitidos en 1551 en todo el estado ruso pidiendo la purificación de la vida religiosa tuvo que volver a publicarse periódicamente, lo que sugiere que las correcciones no se hicieron cumplir y los abusos no se eliminaron. A pesar de las demandas del consejo de una educación clerical mejorada, no hay evidencia de mejora hasta la segunda mitad del siglo XVII. El alcoholismo siguió siendo un problema y la extorsión por parte de los recaudadores de impuestos nunca se erradicó por completo. Los intentos de purificar el cristianismo de la gente parecen haber fracasado, y muchas prácticas supersticiosas enumeradas por el concilio sobrevivieron hasta principios del siglo XX. El intento de reformar el comportamiento de los laicos se vio obstaculizado por el hecho de que los párrocos eran responsables de llevarlo a cabo, pero no se les brindó la educación, la asistencia o los medios de ejecución que lo hubieran hecho posible.
El Concilio de los Cien Capítulos afirmó el principio bizantino tradicional de "sinfonía" (es decir, cooperación) entre la iglesia y el estado, pero los procedimientos ejemplifican la lucha de poder en curso entre las autoridades religiosas y seculares de Rusia. Como documento histórico, el Stoglav arroja una luz única sobre la vida cultural de la Rusia moderna temprana y sobre el personaje de Iván IV. Junto al Nomocanon (una colección de derecho eclesiástico bizantino), se convirtió en un manual fundamental del derecho eclesiástico hasta mediados del siglo XVII, cuando el patriarca Nikon de Moscú revirtió algunas de sus decisiones sobre rituales religiosos menores. Los oponentes de Nikon sostenían que los antiguos rituales eran correctos y que las decisiones del consejo de los Cien Capítulos tenían autoridad canónica. El desacuerdo resultante se convirtió en una de las principales causas del cisma de la Iglesia rusa.