A principios del siglo XIX, grandes manadas de búfalos, más apropiadamente llamados bisontes americanos, vagaban por las Grandes Llanuras. Entonces existían más de 50 millones de búfalos (quizás hasta 75 millones). Varios relatos tempranos describieron vistas asombrosas de los enormes rebaños. Lewis y Clark comentaron en 1806 que en lo que más tarde se convertiría en Dakota del Sur "La muchedumbre en movimiento ... oscureció toda la llanura". Otros escribieron que, al ver una manada desde la distancia, parecía que toda la pradera estaba en movimiento. El comandante del ejército Richard Dodge comentó en 1871 que se necesitaban cinco días para pasar una manada.
El búfalo era fundamental para la economía india de las llanuras y siguió siendo fundamental para su mundo espiritual incluso en el siglo XX. Bison proporcionó una variedad de alimentos, pieles para ropa y refugio, vejigas para bolsas, hiel y sangre para pinturas, huesos para utensilios, excrementos para combustible y calor, y cráneos para ceremonias sagradas. El mamífero que pastaba, parecido a un buey, tenía el pelo lanudo y una joroba pronunciada en los hombros y estaba bien adaptado a las praderas de pasto corto de las llanuras. Aunque pesaban casi 2000 libras cada uno, los búfalos eran sorprendentemente ágiles y rápidos y, de hecho, usaban menos los frágiles paisajes de las praderas que el ganado doméstico. El búfalo también podría soportar condiciones climáticas más extremas que el ganado. Tienden a no congregarse cerca de fuentes de agua. En épocas anteriores, su área de distribución nativa cubría gran parte de América del Norte, pero a mediados del siglo XIX la distribución primaria se extendía desde el oeste de Texas hacia el norte a través de Alberta, Canadá y al oeste desde el río Mississippi hasta las Montañas Rocosas.
Al final de la Guerra Civil Estadounidense (1861–1865), la atención del ejército estadounidense se centró nuevamente en las relaciones con los indígenas estadounidenses. Dado que los asentamientos estadounidenses se expandieron más hacia el oeste, las tropas entraron en la región de las Grandes Llanuras para proteger a los colonos estadounidenses y el desarrollo ferroviario pendiente que se extendería hasta las llanuras centrales.
Los militares estaban muy conscientes de que una disminución sustancial de búfalos supondría un serio revés para la capacidad de los indios para resistir la expansión estadounidense. También significaría el fin de su estilo de vida aparentemente nómada y obligaría a mudarse a las reservas. Algunos creen que los militares hicieron esfuerzos concertados para exterminar al búfalo, tanto mediante acciones directas como con la asistencia logística proporcionada a expediciones de caza privadas. Dada la naturaleza de los animales que a veces no se lanzan en estampida cuando se les dispara, un tirador podría disparar cien búfalos en una hora de pie en un solo lugar. A menudo, solo se tomaban las lenguas de búfalo y otros cortes selectos y la mayor parte del animal se dejaba pudrir. A veces los mataban simplemente por deporte. El cercado por los nuevos colonos también pasó factura al restringir a los búfalos de los abrevaderos tradicionales y las ricas áreas de pastoreo.
En 1871, la matanza de búfalos aumentó aún más. Una curtiduría de Pensilvania desarrolló un método industrial para convertir pieles de búfalo en cuero comercial económico para arneses y cinturones de máquinas. Con pieles valoradas entre $ 1 y $ 3 cada una, los cazadores invadieron las Llanuras. Los ferrocarriles de Kansas Pacific y Santa Fe llevaron las pieles a los mercados del este. A medida que los rebaños de Kansas se desvanecían rápidamente, la destrucción se extendía hacia el sur hasta la península de Texas. Debido a que las manadas de búfalos a veces bloqueaban los trenes, las compañías ferroviarias contrataban cazadores para limpiar las vías y proteger los abrevaderos. Se estima que 15 millones de búfalos en 1865 disminuyeron en 1872 a siete millones.
El Congreso se alarmó y aprobó una ley en 1874 que regulaba la matanza de búfalos. Los no indígenas no podían matar búfalos y se les prohibió matar sólo lo necesario para alimentarse. Sin embargo, el presidente Ulysses S. Grant (1869–1877) vetó la medida. La legislatura del estado de Texas también presentó sin éxito un proyecto de ley de protección de búfalos en 1875.
En 1880, el Ferrocarril del Pacífico Norte llegó a la frontera entre Dakota y Montana en el área central de la cordillera tradicional de búfalos. Se enviaron miles de pieles de búfalo desde el territorio de Montana y el área del río Yellowstone. Al año siguiente, el ferrocarril llegó a Miles City, Montana. Dos años más tarde, en 1883, una manada de 10,000 en Montana fue exterminada en unos pocos días.
En la década de 1890 quedaban menos de mil búfalos en áreas dispersas, principalmente en ranchos privados. Quizás unos escasos veinte o cincuenta búfalos se habían refugiado en el Parque Nacional de Yellowstone. En 1908, el Congreso creó una zona de distribución nacional de bisontes al oeste del lago Flathead en Montana.
Los cazadores de escondites, así como los buscadores de emociones, en combinación con la creciente red de ferrocarriles, condenaron a las otrora enormes manadas. Los rebaños de las llanuras centrales fueron exterminados a principios de la década de 1870; fueron eliminados de las llanuras del sur a finales de la década de 1870; y desaparecieron de las llanuras del norte a principios de la década de 1880. Para los indios de las llanuras, la matanza en masa derrochadora de las manadas de búfalos fue quizás el acto más descorazonador de todos los de los intrusos blancos. Su economía se hizo añicos y los grupos nativos se vieron obligados a vivir de las limosnas del gobierno. La desaparición de las grandes manadas de búfalos también marcó la transición de las extensas praderas a la producción agrícola. La pradera misma finalmente desapareció bajo el arado.