Batavia era la sede de la Compañía Holandesa de las Indias Orientales (VOC). Como tal, fue el centro de comercio y poder más poderoso del sudeste asiático y dominó la región hasta la fundación de Singapur en 1819.
Batavia fue construida cerca del sitio del principado de Jayakerta en Sundanés. La Compañía Holandesa de las Indias Orientales había establecido relaciones con el príncipe en 1610, pero fue solo en 1619, después de un conflicto local, que el gobernador general Jan Pieterszoon Coen tomó posesión total, destruyó el casco antiguo y el palacio y eligió el sitio como propiedad de VOC. Sede permanente. Inicialmente, la ciudad estaba dominada por personal de la Compañía, sobre todo militares, una pequeña pero próspera comunidad empresarial china y esclavos. Después de mediados de siglo, la naturaleza de la sociedad de Batavia cambió rápidamente. Las ambiciones de convertir Batavia en una colonia de asentamientos europeos fueron dejadas de lado.
Detrás de la fachada de una ciudad europea, muy admirada por los europeos visitantes, había una ciudad asiática de dimensiones verdaderamente cosmopolitas. En su punto más alto en la década de 1720, la ciudad albergaba a casi 30,000 habitantes y personal de la Compañía dentro de sus muros y más de 80,000 en sus alrededores. Se convirtió en un imán para comerciantes chinos, malayos, indios y árabes, trabajadores migrantes javaneses y auxiliares militares del archipiélago. Pero sobre todo fue el comercio de esclavos lo que dominó la demografía de Batavia. La ebullición cultural de esclavos y migrantes dio lugar a la cultura típica Betawi (Batavia), que combina los rasgos de los muchos grupos de inmigrantes en su propia mezcla idiosincrásica.
En el siglo XVIII, Batavia sufrió dos desastres. Primero fueron las epidemias de malaria que mantuvieron a la ciudad en sus garras desde 1732, cobrando un inmenso costo humano a todos los recién llegados a la ciudad. Solo el desplazamiento de la ciudad varios kilómetros tierra adentro alrededor de 1810 eliminó los efectos más notorios de la malaria endémica.
En segundo lugar, la masacre infligida a los chinos de Batavia en octubre de 1740. En sólo unos días, unos diez mil chinos fueron asesinados por un pánico frenético por parte de los europeos como represalia de una revuelta de trabajadores chinos desesperados en el campo. Los inmigrantes chinos pronto regresaron a Batavia, pero se concentraron más intensamente que antes en su propio barrio en el área llamada Glodok, que sigue siendo un vecindario predominantemente chino en la actual Yakarta.
El crecimiento de Batavia se revirtió por las epidemias y por la prohibición oficial del comercio de esclavos en 1812. Además, el estado colonial después de 1799 estaba mucho menos ocupado que su predecesor de la Compañía. Después de las guerras napoleónicas y la ocupación británica de Java (1811-1816), Batavia se desarrolló como la capital de una colonia de explotación en expansión. Más que cualquier otra cosa, la ciudad era la sede de la administración colonial y llevaba en gran medida la impronta de una sociedad estrictamente jerárquica, dominada por funcionarios europeos. Pero nunca se convirtió en una ciudad verdaderamente imperial. La pompa arquitectónica nunca fue una característica del "imperio" holandés.
Batavia siguió siendo un centro comercial. Hasta aproximadamente 1870, el comercio se orientaba principalmente a canalizar los frutos del infame Sistema de Cultivo, con su sistema de entrega forzosa de productos agrícolas al gobierno holandés, para venderlos en los mercados mundiales. La industria difícilmente era un activo de la economía de Batavia y solo se desarrollaría al máximo después de la independencia. En 1880, las funciones portuarias se concentraron en las nuevas instalaciones de Tanjung Priok, ocho kilómetros al este del casco antiguo, que ofrecían un puerto profundo donde los barcos podían cargar y en los muelles. La antigua ciudad concéntrica de los días de VOC se había convertido en una estructura tripartita de área administrativa y residencial en Weltevreden (hoy en día alrededor de Medan Merdeka), oficinas comerciales y de servicios en el casco antiguo (Kota), y transporte e industria en Tanjung Priok.
Después de 1900, las nuevas tecnologías, los estilos de vida modernos y la educación dejaron sus huellas en Batavia, primero principalmente entre las clases europeas. Las lámparas de gas iluminaron las calles, los automóviles tomaron las calles después de 1900, los cines se hicieron muy populares y las tiendas ofrecían una gama cada vez mayor de ropa de moda internacional y novedades técnicas. Estos productos estuvieron cada vez más disponibles para indonesios y chinos, al igual que la educación occidental. Batavia albergaba muchas instituciones de educación superior, como una escuela de medicina, una escuela de derecho y una escuela de artes. Estos planes de estudios reunieron a indonesios de todo el archipiélago y se convirtieron en el semillero de las actividades políticas de Indonesia.
En marzo de 1942, las fuerzas japonesas ocuparon la ciudad sin ni siquiera un disparo, cambiaron su nombre por el de Djakarta y la convirtieron en el cuartel general del 16º Ejército, las nuevas autoridades de Java. Ahora fueron los europeos los que fueron desalojados de la ciudad y encarcelados en barrios y campamentos vigilados.
La centralidad de Batavia en las visiones nacionalistas de una Indonesia independiente quedó clara el 17 de agosto de 1945, cuando Sukarno y Hatta proclamaron la República de Indonesia independiente en la ciudad. Durante algunos meses la ciudad fue escenario de la violencia revolucionaria y contrarrevolucionaria. Bajo la presión de los holandeses que regresaban, la sede de la República se trasladó a Yogyakarta, solo para regresar después de la entrega formal de soberanía el 27 de diciembre de 1949. Yakarta mantuvo su carácter dual como centro del establecimiento político, así como de disidencia intelectual. hasta la actualidad.