Estilo. Además de construir misiones indígenas, los colonos españoles en Nuevo México también construyeron asentamientos permanentes para ellos. El Palacio de los Gobernadores en Santa Fe, Nuevo México, es el edificio público más antiguo de los Estados Unidos. Un ejemplo clásico del estilo español-pueblo, fue construido en 1610-1611 poco después de que el gobernador de la colonia, Pedro de Peralta, fundara Santa Fe como capital, reemplazando a la primera capital de Juan de Oñate en San Gabriel. Ubicado en la plaza principal de la capital de la colonia, el palacio se convirtió en la sede oficial del gobierno de Nuevo México y la residencia del gobernador. La organización de la ciudad amurallada en torno a una plaza principal tuvo su origen en los diseños urbanísticos españoles. Durante la revuelta de los pueblos de 1680, el palacio sirvió como fortaleza para proteger a los colonos españoles.
Palacio de los Gobernadores. Como las misiones de Nuevo México, el Palacio de los Gobernadores fue construido con adobe por mano de obra indígena. Una serie de alas organizadas alrededor de patios interiores, su fachada de bloques de largo, originalmente de cuatrocientos pies de largo, daba a la plaza. Un paseo cubierto sostenido por columnas de madera y ménsulas corría a lo largo del portal sur. Típico de la arquitectura de adobe, tenía pocas ventanas. En su estado original, las habitaciones residenciales y la capilla estaban ubicadas en el extremo este. El extremo oeste albergaba la sala de guardia de los soldados, los establos, la armería y una cárcel. De 1912 a 1914 el edificio fue remodelado en profundidad. Un nuevo portal y rincón torres, o torres, se agregaron. Sin embargo, el Palacio de los Gobernadores es uno de los edificios coloniales españoles mejor conservados en los Estados Unidos y conserva gran parte de su aspecto original.
Ciudad de México. Aunque se encuentra al margen del imperio español, el palacio del gobernador de Santa Fe se adhiere al plan español estándar para la arquitectura del palacio de alas organizadas alrededor de patios abiertos. Un arreglo similar se puede ver en el monumental Palacio del Gobernador de la Ciudad de México, que data de la misma época. En contraste con esta estructura clásica de piedra, el Palacio de los Gobernadores de Santa Fe muestra el estilo arquitectónico híbrido Pueblo-Español típico de Nuevo México.
Rebelión. El Palacio de los Gobernadores es más famoso por su papel en la Revuelta de los Indios Pueblo de 1680, el levantamiento indígena más exitoso de América del Norte. Esta rebelión bien organizada, encabezada por el curandero de San Juan Popé, unió a casi todos los pueblo en un ataque bien orquestado contra los colonizadores españoles. Cuando comenzó la revuelta el 10 de agosto de 1680, más de mil españoles huyeron al palacio y fueron sitiados una vez dentro. Cuando terminó, seis días después, no quedaba ni un solo español vivo en Nuevo México. Todos los colonos y frailes españoles fueron asesinados o se vieron obligados a retirarse a El Paso del Norte (hoy Ciudad Juárez, México). Los indios destruyeron todos los hogares españoles y la mayoría de las iglesias (Ácoma es la excepción más significativa), mataron a todos los frailes y rechazaron firmemente el catolicismo. Popé declaró disueltos todos los matrimonios católicos, ordenó que todos los bautismos fueran "lavados" y rechazó todos los nombres cristianos. El español dejó de hablarse. Los indios Pueblo asumieron entonces el control del palacio y lo ocuparon durante doce años, convirtiéndolo en viviendas. Hicieron de la capilla una kiva.
La Reconquista. Los españoles se mantuvieron fuera de la región durante doce años, hasta 1692, cuando comenzó la reconquista de Nuevo México bajo el liderazgo de Diego de Vargas Zapata Lujan Ponce de León. Él y sus fuerzas llegaron a Santa Fe en septiembre de 1692 para encontrar a los Pueblo que vivían en el palacio. Los españoles sitiaron el palacio, lo que obligó a los Pueblos a evacuar. La reconquista española del resto de Nuevo México se logró rápidamente, en gran parte debido a las luchas internas de los nativos americanos. Los Pueblos habían sufrido una sequía severa y ataques apaches en los doce años anteriores.