El Acuerdo Linggadjati fue acordado por una delegación holandesa y representantes de la República de Indonesia el 12 de noviembre de 1946 en la estación de montaña Linggadjati (Linggarjati) cerca de Ceribon en Java. El acuerdo se firmó en Batavia (Yakarta) el 25 de marzo de 1947.
Las autoridades holandesas que regresaban a las Indias Orientales Holandesas después de la Segunda Guerra Mundial (1939-1945) pronto se dieron cuenta de que no estaban en condiciones de restaurar la autoridad holandesa en Java y Sumatra, que estaba controlada por la República de Indonesia. Esta República había proclamado su independencia el 17 de agosto de 1945. El vicegobernador general HJ van Mook (1894-1965), el administrador holandés de más alto rango en el Este, se dio cuenta de que las negociaciones con Sukarno (1901-1970), presidente de la República de Indonesia República, eran inevitables. Sin embargo, el gobierno holandés en los Países Bajos, junto con la mayoría de los partidos políticos holandeses, se mostró reacio a hablar con Sukarno, especialmente dada su postura projaponesa durante la guerra.
Bajo una fuerte presión británica, los holandeses comenzaron a regañadientes negociaciones con la República de Indonesia. Van Mook estudió los acontecimientos en la Indochina francesa para encontrar una solución a los problemas holandeses en Indonesia. Quería reconocer que la República de Indonesia tiene autoridad de facto sobre Java y Sumatra a cambio de la voluntad del lado indonesio de aceptar un estado federal indonesio que sería socio del Reino de los Países Bajos. Dentro del estado federal de Indonesia, los holandeses controlarían al menos Borneo (Kalimantan) y la parte oriental del archipiélago. El modelo de esta propuesta fue la Fédération Indochinoise (Federación de Indochina) y la Union Française (Unión francesa), que fueron diseñadas para mantener el control francés sobre Vietnam.
Después de las elecciones holandesas de mayo de 1946, el gobierno de coalición holandés recién formado decidió establecer una "comisión general" para comenzar las negociaciones con la República de Indonesia. Los miembros de esta comisión general fueron el ex primer ministro Wim Schermerhorn (1894–1977), Max van Poll (1881–1948) y Feike de Boer (1892–1976). Su misión era adaptar los arreglos constitucionales de las Indias Orientales Holandesas a las realidades de la posguerra sin renunciar a la misión imperial holandesa.
La comisión general partió hacia Indonesia en noviembre de 1946 y comenzó las negociaciones con una delegación de la República de Indonesia, que incluía a Sukarno y Sutan Sjahrir (1909-1966), en Linggadjati. Siguieron negociaciones difíciles y largas sobre la futura relación entre los Países Bajos e Indonesia. Al final, van Mook estableció un compromiso en el que los "Estados Unidos de Indonesia" se convertirían en un "estado soberano y democrático" dentro de una Unión Holandés-Indonesia, que se concentraría en la cooperación económica y cultural. Los Estados Unidos de Indonesia tendrían tres estados: la República de Indonesia, Indonesia Oriental y Borneo. Los holandeses reconocerían que la República de Indonesia tiene toda la autoridad sobre Java y Sumatra.
Sukarno aceptó este compromiso para evitar una lucha armada larga y difícil contra los Países Bajos y, con el conocimiento de su República, controlaría a la gran mayoría de la población de Indonesia y, por lo tanto, pronto controlaría los Estados Unidos de Indonesia. La comisión general holandesa aceptó el compromiso porque se evitó una posible guerra y parecía estar asegurada una estrecha relación futura entre Holanda e Indonesia.
En los Países Bajos, las fuerzas conservadoras se opusieron enérgicamente al Acuerdo de Linggadjati. La comisión general parecía haber "regalado" las Indias Orientales Holandesas a un grupo irresponsable y poco confiable de nacionalistas indonesios. El gobierno holandés decidió modificar e interpretar el acuerdo para asegurar a los Países Bajos una influencia futura razonable en Indonesia. El ministro holandés para territorios de ultramar, JA Jonkman (1891-1976), emitió una declaración en el parlamento en la que el Acuerdo de Linggadjati se llamaba simplemente una base para futuras discusiones y reafirmaban las ambiciones holandesas en el extranjero. El Partido Socialdemócrata y el Partido Católico propusieron una moción que dejaba en claro que los futuros Estados Unidos de Indonesia serían parte de una Unión soberana holandesa-indonesia. El Parlamento aprobó esta moción, mediante la cual los Países Bajos definitivamente dieron una nueva interpretación al Acuerdo de Linggadjati, sin cambiar las palabras precisas del acuerdo en sí.
Dentro de la República de Indonesia, Sukarno enfrentó sus propios problemas para obtener apoyo para el Acuerdo de Linggadjati. Los elementos radicales dentro de Indonesia fueron apoyados por el líder del ejército, el general Sudirman (1915-1950), para oponerse al acuerdo, que no trajo la independencia inmediata y total a Indonesia. Sin embargo, Sukarno logró convencer al Parlamento indonesio de que el Acuerdo de Linggadjati era un trampolín hacia la independencia total. El 5 de marzo de 1947, el parlamento aceptó el acuerdo, pero solo con el entendimiento explícito de que el gobierno indonesio debería trabajar hacia la "liberación" de Borneo y el este de Indonesia haciendo que estas áreas formen parte de la República de Indonesia "lo antes posible. . "
El 25 de marzo, los Países Bajos e Indonesia firmaron finalmente el Acuerdo Linggadjati en el Palacio Rijswijk de Yakarta. En realidad, se firmaron dos acuerdos diferentes. Los holandeses firmaron el acuerdo tal como lo interpretaron el gobierno holandés y el Parlamento holandés, lo que significó que acordaron formar una Unión Holandesa-Indonesia soberana y poderosa en la que los Estados Unidos de Indonesia y la República de Indonesia solo jugaron un papel menor. Los indonesios firmaron el acuerdo en su forma más original, aceptando solo una Unión holandesa-indonesia simbólica y queriendo unos Estados Unidos de Indonesia plenamente soberanos en los que la República de Indonesia jugaría un papel dominante.
Esta diferencia fundamental de opinión sobre el futuro de Indonesia no pudo salvarse en los meses posteriores a la firma del Acuerdo de Linggadjati. Finalmente, el gobierno holandés decidió en junio de 1947 librar una guerra contra la República de Indonesia, con la esperanza de que los indonesios "moderados" aprovecharan la oportunidad de tomar el poder en la República. Los holandeses no entendieron que los indonesios "moderados" también deseaban la independencia total. En diciembre de 1948 siguió una segunda guerra, tras la cual la presión internacional, el fracaso militar y la pérdida de influencia política en Indonesia hicieron que los holandeses aceptaran la independencia de Indonesia según las líneas del Acuerdo Linggadjati original.
En diciembre de 1949 se formaron los Estados Unidos de Indonesia. El nuevo país se vinculó con los Países Bajos a través de una unión simbólica holandés-indonesia. Esta construcción política solo duró unos pocos años: los Estados Unidos de Indonesia pronto fueron reemplazados por una República unitaria de Indonesia. Indonesia abandonó la Unión Holandesa-Indonesia en 1954.